Quelle est la différence entre Golden Gate et Gibson Assembly

Le différence clé Entre Golden Gate et Gibson Assembly Est-ce que Golden Gate repose sur la présence de sites de restriction dans une séquence particulière à cloner, tandis que l'assemblage de Gibson ne reposait pas sur la présence de sites de restriction dans une séquence particulière à cloner.

Au cours des dernières décennies, les scientifiques moléculaires ont développé diverses procédures standardisées qui permettent l'assemblage plus facile de plusieurs fragments d'ADN en une seule pièce. Par conséquent, les méthodes de clonage telles que la ligature des enzymes de restriction, le clonage de la passerelle, l'assemblage de Gibson, l'assemblage de la porte d'or et le clonage topo sont largement utilisés par les chercheurs dans des expériences scientifiques. Par conséquent, l'assemblage Golden Gate et Gibson sont deux méthodes de clonage moléculaire qui permettent l'assemblage de plusieurs fragments d'ADN en une seule pièce.

CONTENU

1. Aperçu et différence clé
2. Qu'est-ce que Golden Gate Assembly
3. Qu'est-ce que l'assemblage de Gibson
4. Similitudes - Golden Gate et Gibson Assembly
5. Assemblage Golden Gate vs Gibson sous forme tabulaire
6. Résumé

Qu'est-ce que Golden Gate Assembly?

Golden Gate est une méthode de clonage moléculaire qui facilite l'assemblage de plusieurs fragments d'ADN en une seule pièce. Cette méthode repose sur la présence de sites de restriction dans une séquence particulière à cloner. Il est né en 1996. Cette technique utilise des enzymes de restriction de type IIS et T4 ADN ligase. Ces enzymes coupent l'ADN à l'extérieur des sites de reconnaissance. Ils peuvent créer des surplombs non palindromiques. Par conséquent, plusieurs fragments d'ADN peuvent être assemblés à l'aide de combinaisons de séquences de surplomb.

Figure 01: Golden Gate

Procédure d'assemblage Golden Gate

La technique Golden Gate a trois étapes principales dans sa procédure:

• Création de surplombs dans le vecteur de clonage,
• assemblage de plusieurs inserts d'ADN en utilisant des séquences spécifiques aux fragments dans les surplombs, et
• ligature.

L'ensemble Golden Gate utilise des vecteurs de clonage circulaire (vecteur de destination). En outre, dans cette méthode, le site de restriction est éliminé du produit ligaturé afin d'effectuer la digestion et la ligature simultanément. Un protocole de cycle thermique typique pour Golden Gate oscille entre 37 ° C et 16 ° C car 37 ° C est optimal pour les enzymes de restriction et 16 ° C est optimal pour les ligases.

Qu'est-ce que l'assemblage de Gibson?

L'assemblage Gibson est une méthode de clonage moléculaire qui permet l'assemblage de plusieurs fragments d'ADN en une seule pièce. Contrairement à la méthode Golden Gate, cette méthode ne reposait pas sur la présence de sites de restriction dans une séquence particulière à cloner. Il a été trouvé par Daniel G. Gibson du J. Craig Venter Institute. Cette technique est un type de séquence et de la méthode de clonage indépendant de la ligase (SLIC).

Figure 02: Assemblage de Gibson

Procédure d'assemblage de Gibson

L'assemblage de Gibson a besoin de fragments d'ADN contenant 20 à 40 paires de bases se chevauchant avec des fragments d'ADN adjacents. Des chevauchements sont ajoutés via PCR. Ensuite, ces fragments d'ADN sont ajoutés au mélange Gibson Maser qui a trois enzymes.  Cette procédure est effectuée dans des conditions isothermes (50 ° C pendant 1 heure) en utilisant trois enzymes différentes: exonucléase, ADN polymérase et ADN ligase. L'exonucléase mâche l'ADN de la fin des 5 '. Ainsi, il n'inhibe pas l'activité polymérase et ne permet pas à la réaction de se poursuivre en un seul processus. Les régions simples résultant sur les fragments d'ADN adjacentes peuvent être recuits en raison de séquences de chevauchement. L'ADN polymérase comble les lacunes en ajoutant des nucléotides. Enfin, l'ADN Ligase rejoint de manière covalente l'ADN des segments adjacents. Normalement, l'assemblage Gibson utilise des vecteurs de destination linéarisés. De plus, cette méthode peut combiner simultanément jusqu'à 15 fragments d'ADN en fonction de la similitude des séquences.

Similitudes entre Golden Gate et Gibson Assembly

• L'assemblage Golden Gate et Gibson sont deux méthodes de clonage moléculaire.
• Les deux méthodes peuvent assembler plusieurs fragments d'ADN en une seule pièce.
• Ces méthodes utilisent des vecteurs de destination.
• Les deux méthodes utilisent des cycles thermiques pour l'assemblage de plusieurs fragments d'ADN.
• Ils sont utilisés dans la mutagenèse dirigée par le site.

Différence entre Golden Gate et Gibson Assembly

Golden Gate est une méthode de clonage moléculaire utilisée dans l'assemblage de plusieurs fragments d'ADN en une seule pièce reposant sur la présence de sites de restriction dans une séquence particulière à cloner, tandis que l'assemblage de Gibson est une méthode de clonage moléculaire utilisée dans l'assemblage de plusieurs fragments d'ADN en une seule pièce sans compter sur la présence de sites de restriction dans une séquence particulière à cloner. C'est la principale différence entre Golden Gate et Gibson Assembly. De plus, la méthode Golden Gate utilise un vecteur de destination circulaire, tandis que la méthode d'assemblage de Gibson utilise un vecteur de destination linéarisé.

L'infographie suivante tabule la différence entre Golden Gate et l'assemblage de Gibson.

Résumé - Golden Gate vs Gibson Assembly

Le clonage moléculaire est une méthode utilisée pour assembler les molécules d'ADN recombinantes et diriger leur réplication au sein des organismes hôtes. L'assemblage Golden Gate et Gibson sont deux méthodes de clonage moléculaire qui permettent l'assemblage de plusieurs fragments d'ADN en une seule pièce. La méthode Golden Gate repose sur la présence de sites de restriction dans une séquence particulière à cloner, tandis que l'assemblage de Gibson ne reposait pas sur la présence de sites de restriction dans une séquence particulière à cloner. Ainsi, c'est la principale différence entre Golden Gate et Gibson Assembly.

Référence:

1. «Ensemble Golden Gate.»New England Biolabs: réactifs pour l'industrie des sciences de la vie.

Image gracieuseté:

1. «Golden Gate Assembly» par Lee Yun Jie - Propre travaux (CC By-SA 4.0) via Commons Wikimedia
2. «Gibson Assembly Aperview» par Tobias Vornholt - Propre travaux (CC BY-SA 4.0) via Commons Wikimedia