Différence entre contig et échafaudage
Le différence clé entre contig et échafaudage est que Un contig n'a pas de lacunes tandis qu'un échafaudage se compose de contigs et de lacunes.
Le séquençage du génome des organismes multicellulaires est très difficile par rapport au séquençage des organismes unicellulaires. Le séquençage du fusil de chasse du génome entier est une technique de séquençage du génome facile et rapide pour les génomes multicellulaires. C'est une méthode qui séquence de nombreux fragments d'ADN qui se chevauchent en parallèle. Dans cette méthode, les petits fragments sont assemblés en fragments plus grands puis en contigs plus grands à l'aide d'un ordinateur. Ensuite, les contigs sont assemblés en échafaudages et enfin dans un chromosome. Par conséquent, Contig est un étirement continu de séquences nucléotidiques tandis que l'échafaud est une partie du génome composé de contigs et de lacunes. Contig et échafaudage sont des séquences génomiques reconstruites.
CONTENU
1. Aperçu et différence clé
2. Qu'est-ce que contig
3. Qu'est-ce que l'échafaudage
4. Similitudes entre contig et échafaudage
5. Comparaison côte à côte - contig vs échafaudage sous forme tabulaire
6. Résumé
Qu'est-ce que contig?
Contig est une séquence génomique. Il s'agit d'un étirement continu de séquences composées de bases a, c, g et t. Il est formé en assemblant plusieurs petits bits de l'ADN qui se chevauchent dans une séquence plus longue. En mots simples, Contig est un assemblage d'un ensemble de fragments de séquence. La création contig implique l'identification de fragments de séquence qui se chevauchent basés sur des méthodes locales de correspondance et d'alignement qui identifient les extrémités qui se chevauchent des séquences.
Les contigs n'ont pas de lacunes. C'est une partie d'un échafaudage. Les contigs sont enchaînés lors de la création d'un échafaudage. Il nécessite des informations supplémentaires sur la position relative et l'orientation des contigs dans le génome. Les lacunes séparent des contigs dans un échafaudage. Fondamentalement, l'assemblage contig est une étape importante dans le séquençage du fusil de chasse du génome entier. Les contigs sont finalement assemblés en une séquence génomique complète. L'assemblage contig nécessite généralement la compréhension des algorithmes dans la correspondance des cordes et l'alignement de séquence.
Qu'est-ce qu'un échafaudage?
Un échafaudage est une séquence génomique reconstruite des clones de fusil de chasse du génome entier à séquençage final. Structurellement, un échafaudage se compose de contigs et de lacunes. Par conséquent, les échafaudages sont créés par des contigages en train de se cogner et de les séparer par des lacunes. La création d'échafaudage a besoin d'informations sur la position relative et l'orientation des contigs dans le génome. L'assemblage de fusil de chasse du génome entier vise à représenter chaque séquence génomique dans un échafaudage. Mais ce n'est pas tout à fait possible. Par conséquent, un chromosome peut être représenté par plusieurs échafaudages. Parfois, les échafaudages peuvent se chevaucher. De plus, certains échafaudages peuvent être filtrés pendant l'assemblage.
Figure 02: Aperçu de l'assemblage de fusil de chasse du génome entier
La longueur d'un éclatement d'échafaudage ne montre pas sa véritable longueur. Généralement, les lacunes sont arbitrairement définies sur certaines longueurs fixes. Par conséquent, ces lacunes et incertitudes dans leurs longueurs créent des problèmes pour comprendre les véritables relations spatiales des éléments fonctionnels dans les génomes et l'étendue réelle des informations manquantes. Parfois, les lacunes représentent les informations génomiques manquantes.
Quelles sont les similitudes entre contig et échafaudage?
- Contig et échafaudage sont des séquences génomiques composées de séquences nucléotidiques.
- Les échafaudages sont composés de contigs et de lacunes.
Quelle est la différence entre contig et échafaudage?
Un contig est une séquence continue assemblée à partir d'un ensemble de fragments de séquence. En revanche, un échafaudage est une partie de la séquence génomique reconstruite par les contigages de chaînage ensemble. C'est donc la principale différence entre contig et échafaudage. De plus, les contigs n'ont pas de lacunes tandis que les contigs dans un échafaudage sont séparés par des lacunes.
En dessous de l'infographie tabule plus de différences entre contig et échafaudage.
Résumé - Contig vs échafaudage
Contig et échafaudage sont des séquences nucléotidiques reconstruites dans des projets de séquençage du génome entier. Contig est un étirement continu de séquence génomique contenant des bases A, C, G et T sans lacunes. L'échafaud est une séquence génomique consiste en contigs et lacunes. Par conséquent, les composants d'assemblage les plus courts sont des contigs tandis que les échafaudages sont des assemblages de contigs. Enfin, les échafaudages sont assemblés en chromosomes dans le séquençage du génome entier. Ainsi, cela résume la différence entre contig et échafaudage.
Référence:
1. Adams, Jill U. «Genomes complexes: séquençage de fusil de chasse.”Sciable, Nature Education, 2008, disponible ici.
Image gracieuseté:
1. «Échafaudage pour animaux de compagnie» par les régents de l'Université de Californie - (domaine public) via Commons Wikimedia
2. «Présentation de l'Assemblée WGS Denovo» par Bernardojclavijo - Propre travaux (CC By-SA 3.0) via Commons Wikimedia
