Différence entre la métagénomique et la métatranscriptomique

Le différence clé entre la métagénomique et la métatranscriptomique repose sur le type de biomolécules étudiées dans chaque zone. Metagénomics étudie l'ADN, ses séquences et son comportement dans les organismes, tandis que la métatranscriptomique étudie l'ADN transcrit, principalement des séquences d'ARNm et son comportement dans les organismes.

La métagénomique et la métatranscriptomique sont deux domaines qui ont gagné en popularité au fil des ans par rapport à la communauté microbienne. Ils sont importants dans les soins de santé, l'industrie et la biotechnologie agricole. La métagénomique et la métatranscriptomique permettent à l'étude des organismes individuels dans une communauté et à leurs rôles fonctionnels qui sont soit bénéfiques ou nuisibles.

CONTENU

1. Aperçu et différence clé
2. Qu'est-ce que la métagénomique 
3. Qu'est-ce que la métatranscriptomique
4. Similitudes entre la métagénomique et la métatranscriptomique
5. Comparaison côte à côte - Metagénomics vs métatranscriptomiques sous forme tabulaire
6. Résumé

Qu'est-ce que la métagénomique?

La métagénomique est le domaine d'étude qui explore l'acide désoxyribonucléique (ADN). Il est plus pertinent pour la communauté microbienne. De plus, c'est un domaine plus avancé par rapport à la génomique. En génomique, l'analyse d'un ADN des organismes particulier a lieu. Cependant, la métagénomique implique l'analyse du matériel génétique dans une communauté d'organismes. Ainsi, cela permet d'étudier le comportement d'une communauté d'organismes concernant une condition ou un environnement.

Figure 01: Métagénomique

La technique principale impliquée dans les études de métagénomique est le séquençage de prochaine génération (NGS) qui utilise la technologie des micro-voies. Les méthodes NGS peuvent analyser plusieurs organismes en une seule réaction pour la présence ou l'absence de séquences d'ADN spécifiques. Ces séquences d'ADN peuvent être responsables d'une seule maladie ou d'une condition environnementale. Par conséquent, en utilisant des connaissances métagénomiques, le dépistage des organismes peut être effectué facilement et avec précision. Le séquençage pendant les NG a lieu en lectures courtes et le profilage de l'ADN des organismes a lieu. La séquence d'ADN 16S est une séquence populaire étudiée en métagénomique concernant les micro-organismes.

Après le séquençage de la communauté des organismes, l'alignement des séquences doit être effectué. Des outils tels que l'outil de séquence d'alignement local de base (BLAST) sont utilisés pour accomplir la tâche d'alignement. Après l'alignement, un arbre phylogénétique fournit la relation de chaque organisme de la communauté et des détails concernant son comportement.

Qu'est-ce que la métatranscriptomique?

Metatranscriptomics est le domaine d'étude qui traite du transcriptome d'un organisme. Le transcriptome constitue l'ensemble des séquences d'ARN transcrites pendant la transcription de l'ADN. Les séquences d'ARNm présentes dans le transcriptome fournissent des informations sur l'expression génétique. Metatranscriptomics est l'analyse de plusieurs transcriptomes entre les populations ou les communautés.

Figure 02: Analyse du transcriptome

Les études métatranscriptomiques utilisent également des technologies de puces à ADN pour trouver les séquences des séquences de lecture courtes. De plus, Metatranscriptomics implique également une analyse bioinformatique complète à l'aide d'outils d'alignement et de méthodes de conception d'arbres. Cependant, le domaine de la métatranscriptomique est beaucoup plus difficile par rapport à la métagénomique. L'extraction de l'ARNm ou de l'ARN dans son ensemble n'est pas aussi facile qu'il semble être. Puisque l'ARN est très sujet à la destruction et a un temps de vie très court, l'entretien et le stockage de ceux-ci pourraient être une requête possible.

Quelles sont les similitudes entre la métagénomique et la métatranscriptomique?

• La métagénomique et la métatranscriptomique sont des techniques à haut débit pour analyser les communautés d'organismes, principalement les communautés microbiennes.
• Les deux techniques utilisent la technologie de puces à ADN pour déduire les résultats.
• Les résultats obtenus sont souvent analysés en utilisant l'alignement du souffle et les arbres phylogénétiques.
• De plus, les deux techniques ne se concentrent pas sur un seul organisme, mais un groupe ou des organismes communautaires.
• En outre, les deux concepts sont également étudiés principalement en relation avec les microbes - la principale raison étant que leurs divers rôles joués.

Quelle est la différence entre la métagénomique et la métatranscriptomique?

La métagénomique et la métatranscriptomique impliquent l'analyse de la matière génétique dans une communauté d'organismes. Ainsi, la métagénomique concerne les modèles et les séquences de l'ADN tandis que les métatranscriptomiques se réfèrent à l'analyse de l'ARNm ou de l'ADN transcrit. C'est donc la principale différence entre la métagénomique et la métatranscriptomique.

De plus, la procédure d'extraction diffère dans les deux techniques; La métagénomique implique des procédures d'extraction d'ADN et la métatranscriptomique implique des procédures d'extraction d'ARN. Par conséquent, c'est aussi une différence significative entre la métagénomique et la métatranscriptomique.

L'infographie ci-dessous résume la différence entre la métagénomique et la métatranscriptomique:

Résumé - Metagénomics vs Metatranscriptomics

La métagénomique et la métatranscriptomique sont de nouveaux domaines d'étude qui analysent une communauté d'organismes pour une condition particulière. Ainsi, la métagénomique fait référence à l'analyse des séquences d'ADN. En revanche, la métatranscriptomique fait référence à l'analyse des séquences d'ARN ou des produits d'ADN transcrits. À cet égard, Metatranscriptomics permet d'identifier l'expression des gènes pour un cas particulier. Les deux sont importants pour analyser les mutations et leurs effets. Ce sont des techniques rapides et plus fiables utilisées à l'avance. Ainsi, c'est le résumé de la différence entre la métagénomique et la métatranscriptomique.

Référence:

1. Aguiar-Pulido, Vanessa, et al. «Les approches de la métagénomique, de la métatranscriptomique et de la métabolomique pour l'analyse du microbiome.»Evolutionary Bioinformatics Online, Libertasacademica, 12 mai 2016, disponible ici.

Image gracieuseté:

1. «PCBI.1002808.G001 ”par des figures de phylogénie (CC par 2.0) via Flickr
2. «Transcriptome Fig 3» par Danny556 (Talk) - Auto-Made (C BY-SA 3.0) via Flickr