Différence entre le séquençage du fusil de chasse et le séquençage de prochaine génération

Le différence clé entre le séquençage de fusil de chasse et le séquençage de prochaine génération est que Le séquençage du fusil de chasse est une méthode de séquençage qui divise au hasard les séquences d'ADN en de nombreux petits fragments et remonte la séquence en observant les régions qui se chevauchent tandis que le séquençage de prochaine génération suivante (NGS) est une méthode avancée de séquençage génétique qui dépend de l'électrophorèse capillaire.

Le séquençage est le processus qui détermine l'ordre précis des nucléotides dans un gène, un groupe de gènes, de chromosome et un génome complet. Il est très important dans les études génomiques, les études médico-légales, la virologie, la systématique biologique, le diagnostic médical, la biotechnologie et dans de nombreux autres domaines pour analyser la structure et la fonction des gènes et l'identification des organismes. De plus, il existe différents types de méthodes de séquençage disponibles. Le séquençage du fusil de chasse et le séquençage de prochaine génération sont deux méthodes avancées parmi eux.

CONTENU

1. Aperçu et différence clé
2. Qu'est-ce que le séquençage du fusil de chasse 
3. Qu'est-ce que le séquençage de prochaine génération
4. Similitudes entre le séquençage du fusil de chasse et le séquençage de prochaine génération
5. Comparaison côte à côte - Séquençage de fusil de chasse vs séquençage de prochaine génération sous forme tabulaire
6. Résumé

Qu'est-ce que le séquençage du fusil de chasse?

Le séquençage du fusil de chasse est une méthode de séquençage qui brise au hasard les séquences d'ADN de l'ensemble du chromosome ou du génome entier en de nombreux petits fragments et remonte les séquences par ordinateurs en observant les séquences ou régions qui se chevauchent. Généralement, les génomes des mammifères sont structurellement complexes et plus grands. Par conséquent, ils sont difficiles à séquencer par le clonage car il prend du temps. Le séquençage de fusil de chasse est une méthode plus rapide. Il est également moins cher à réaliser.  Par conséquent, les scientifiques modernes s'appuient sur la méthode de séquençage du fusil de chasse pour lutter contre les génomes complexes.

Figure 01: séquençage de fusil de chasse

La procédure de séquençage du fusil de chasse est relativement simple. Cela commence par fragmenter l'ensemble du génome en différentes tailles de 20 kilo à des bases de 300 kilos. Ensuite, chaque fragment doit être séquencé en utilisant la méthode de terminaison de la chaîne. Après le séquençage, il est nécessaire d'assembler les fragments en regardant les régions qui se chevauchent à l'aide d'un logiciel informatique sophistiqué. La cartographie conventionnelle et le clonage des séquences ne sont pas nécessaires pour cette méthode. De plus, l'utilisation de la carte génétique ne se déroule pas dans cette méthode. Cependant, comme il n'y a pas d'utilisation des cartes du génome existantes, les erreurs pendant l'assemblage sont plus susceptibles de se produire. C'est l'un des principaux inconvénients de cette méthode. De plus, les fragments plus courts fournissent des informations moins uniques pour chaque lecture dans cette méthode. De plus, le séquençage de fusil de chasse ne produit pas suffisamment de données pour déterminer une séquence consensuelle à la norme de précision requise.

Malgré les inconvénients mentionnés ci-dessus, la méthode de séquençage du fusil de chasse est actuellement la stratégie la plus efficace et la plus rentable pour le séquençage des génomes microbiens, y compris les bactéries, les virus et la levure. C'est parce que leurs génomes manquent de régions répétitives qui sont difficiles à séquencer, et il est possible d'assembler ces génomes facilement en chromosomes sans erreur.

Qu'est-ce que le séquençage de prochaine génération?

Le séquençage de prochaine génération (NGS) est un terme utilisé pour désigner les processus de séquençage moderne à haut débit. Il décrit un certain nombre de technologies de séquençage modernes différentes qui ont révolutionné les études génomiques et la biologie moléculaire. Ces techniques incluent le séquençage Illumina, le séquençage de Roche 454, le séquençage de protons ion et le séquençage solide (séquençage par détection de ligature oligo). Les systèmes NGS sont plus rapides et moins chers. Quatre méthodes principales de séquençage d'ADN sont utilisées dans les systèmes NGS: pyroséquençage, séquençage par synthèse, séquençage par ligature et séquençage de semi-conducteur ion. Un grand nombre de brins d'ADN ou d'ARN (millions de) peuvent être séquencés en parallèle par NGS. Il permet le séquençage de l'ensemble du génome des organismes dans un court laps de temps.

Figure 02: séquençage de prochaine génération

NGS a des avantages différents. Il s'agit d'un processus à grande vitesse, plus précis et rentable qui peut être effectué avec un petit échantillon. Par conséquent, il permet l'analyse de l'ensemble du génome humain dans une seule expérience de séquençage. De plus, les NG peuvent être utilisés dans les études métagénomiques, dans la détection des variations au sein d'un génome individuel en raison des insertions et des suppressions, etc., et dans l'analyse des expressions génétiques. De plus, NGS peut analyser simultanément des transcriptomes entiers à partir d'un grand nombre de tissus. Par conséquent, NGS a révolutionné l'analyse des transcriptomes.

Quelles sont les similitudes entre le séquençage du fusil de chasse et le séquençage de prochaine génération?

• Le séquençage du fusil de chasse et le séquençage de prochaine génération sont deux méthodes de séquençage du génome.
• Les deux méthodes sont des méthodes rapides.
• De plus, ce sont des méthodes rentables.
• Ils sont capables de séquencer de nombreux fragments d'ADN en parallèle.

Quelle est la différence entre le séquençage du fusil de chasse et le séquençage de prochaine génération?

Le séquençage de fusil de chasse et le séquençage de prochaine génération sont deux techniques de séquençage avancées. La méthode de séquençage du fusil de chasse brise au hasard les séquences d'ADN de l'ensemble du chromosome ou du génome entier en de nombreux petits fragments et remonte les séquences par ordinateurs en observant les séquences ou régions qui se chevauchent. En revanche, le séquençage de prochaine génération (NGS) est un terme qui fait référence aux processus de séquençage moderne à haut débit.  C'est donc la principale différence entre le séquençage du fusil de chasse et le séquençage de prochaine génération. De plus, le séquençage de prochaine génération est une technique qui dépend de l'électrophorèse capillaire, tandis que le séquençage du fusil de chasse ne dépend pas. Par conséquent, c'est aussi une différence entre le séquençage du fusil de chasse et le séquençage de prochaine génération. De plus, par rapport au séquençage du fusil de chasse, le séquençage de prochaine génération est très sensible et très précis .

Résumé - Sequençage de fusil de chasse vs séquençage de prochaine génération

Le séquençage du fusil de chasse et le séquençage de prochaine génération sont deux méthodes de séquençage utilisées dans le séquençage du génome. Les deux méthodes sont des méthodes rapides et rentables. NGS fonctionne sur le principe du séquençage des millions de séquences simultanément en une manière rapide à travers un système de séquençage. En revanche, le séquençage du fusil de chasse nécessite la rupture des génomes en petits fragments et le séquençage et remontez en utilisant des séquences de chevauchement. Donc, cela résume la différence entre le séquençage du fusil de chasse et le séquençage de prochaine génération.

Référence:

1. «Complex Genomes: Shotgun Sequencing» Nature News, Nature Publishing Group, disponible ici.
2. Behjati, Sam et Patrick S Tarpey. «Qu'est-ce que le séquençage de prochaine génération?" Archives de maladies infantiles. Édition d'éducation et de pratique, BMJ Publishing Group, DEC. 2013, disponible ici.

Image gracieuseté:

1. «Séquençage de fusil de chasse entièrement génome contre séquençage hiérarchique de fusil de chasse» par Commins, J., Toft, c., Tarifs, m. UN. - «Méthodes de biologie informatique et leur application à la génomique comparative des bactéries symbiotiques endocellulaires d'insectes.»Biol. Procédures en ligne (2009). Consulté via springerimages (CC By-SA 2.5) Via Commons Wikimedia
2. «Hiseq 2000» par RE73 - Propre travaux (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia