Différence entre les amorces de PCR et les amorces de séquençage

Différence clé - Amorces PCR VS Séquençage Amorces
 

Avec les développements récents dans le domaine de la biologie moléculaire, différentes techniques génétiques ont été développées qui ont rendu les processus d'investigation de différentes avenues du sujet. La PCR et d'autres procédures de séquençage sont deux techniques importantes. Ils utilisent différents sous-composants. Les amorces sont considérées comme le principal sous-composant commun à la fois à la PCR et aux techniques de séquençage. Les amorces de PCR sont utilisées pour l'amplification d'une séquence d'ADN particulière tandis que SLes amorces d'écoulement sont utilisées dans le contexte du séquençage d'un fragment d'ADN avec l'intention de révéler son ordre spécifique de la séquence nucléotidique. C'est le différence clé entre les amorces de PCR et les amorces de séquençage.

CONTENU

1. Aperçu et différence clé
2. Que sont les amorces de PCR
3. Que sont les amorces de séquençage
4. Similitudes entre les amorces de PCR et les amorces de séquençage
5. Comparaison côte à côte - amorces de PCR vs amorces de séquençage sous forme tabulaire
6. Résumé

Que sont les amorces de PCR?

La réaction en chaîne par polymérase (PCR) est une technique génétique qui est utilisée dans le domaine de la biologie moléculaire afin d'amplifier une seule ou peu de copies d'un segment d'ADN particulier et d'obtenir plusieurs millions de copies identiques. Dans une réaction de PCR, différents composants sont utilisés, y compris les amorces. Les amorces sont de courts brins d'ADN avec une longueur nucléotidique de 18-25, ce qui les rend compatibles avec le début et la région finale des fragments d'ADN à amplifier. Les amorces peuvent être une amorce vers l'avant et un amorce inverse. Ces amorces se lient au fragment d'ADN aux points spécifiques où il fait de l'ADN polymérase pour se lier à l'amorce spécifique à l'emplacement et initier la synthèse du nouveau brin d'ADN.

La sélection des amorces est un aspect important du processus de PCR. La sélection de la longueur de l'amorce est importante. La longueur idéale serait 18-25 nucléotides. Si la longueur est trop courte ou trop longue, les amorces ne se lieront pas à la séquence d'ADN pour être amplifiée avec précision. Les amorces trop courtes conduisent à un recuit d'amorces non spécifique à différents emplacements de la séquence d'ADN.

Figure 01: amorces de PCR

Le contenu de la guanine et de la cytosine (GC) dans une bonne amorce devrait être dans la plage de 40-60. La température de recuit des amorces et la température de fusion sont des facteurs vitaux pendant la PCR. La température de fusion doit être calculée avec précision et la température de recuit des amorces doit être 5 ⁰C inférieur à la température de fusion. La température de fusion doit être de 60 ° C et 75 ° C. Des températures trop élevées ou trop faibles entraîneront une activité d'ADN polymérase moins active.

Que sont les amorces de séquençage?

Les amorces de séquençage sont utilisées dans le contexte du séquençage d'un fragment d'ADN avec l'intention de révéler son identité spécifique. Pour obtenir de bons résultats de séquençage, les amorces et les modèles de haute qualité sont importants. Ainsi, lorsque les amorces sont sélectionnées, ils doivent être uniques à une région particulière où nous désirons séquencer. Il devrait également être avec une orientation correcte où les séquences sont généralement générées à partir des extrémités de 3 'à 5' des amorces. La séquence devrait manquer d'auto-hybridation indésirable comme la formation de boucles en épingle à cheveux. Il ne doit pas contenir une formation consécutive de bases de guanine.

La température de fusion (TM) de l'amorce doit convenir aux conditions du séquençage. Par conséquent, cela devrait se situer entre 52^oC et 74^oC. La préparation des oligonucléotides à utiliser comme amorce doit être purifiée pour obtenir la pleine longueur recherchée de la séquence. Si les oligonucléotides contiennent des impuretés, la signalisation de la séquence d'amorce sera superposée à partir de différents sites d'amorçage, et il diminuera également le nombre de cellules de base.

Figure 02: amorces de séquençage

La température de fusion d'amorce (TM) d'un oligonucléotide détermine à quel point les brins d'ADN complémentaires sont forts les uns avec les autres. La TM peut être considérée comme un calcul thermodynamique où elle dépend à la fois des séquences d'ADN et de plusieurs conditions telles que la concentration en sel. Le TM est important pendant la PCR où une variante appelée séquençage du cycle est utilisée pour produire un groupe de fragments terminés par les didésoxynucléotides. Ici, l'amorce qui est séquencé sera initialement recuite alternativement, puis étendue et enfin dénaturée pour l'amplification. Par conséquent, la valeur TM doit être entre 52^oC et 74^o C. Les oligonucléotides synthétisés peuvent être obtenus à partir de laboratoires de synthèse d'ADN / ARN selon le choix. La petite échelle de synthèse utilisée pour le séquençage de l'ADN est généralement de 50 nmol. Le plus important encore, les amorces utilisées pour le séquençage devraient être purifiées pour être exemptes d'impuretés qui empêcheront la réduction de la qualité.

Quelles sont les similitudes entre les amorces de PCR et les amorces de séquençage?

• Les amorces de PCR et les amorces de séquençage sont des amorces qui sont utilisées dans le processus d'amplification d'une séquence d'ADN ciblée.
• Les amorces de PCR et les amorces de séquençage sont composées de nucléotides.
• Les amorces de PCR et les amorces de séquençage sont des oligomères courts.

Quelle est la différence entre les amorces de PCR et les amorces de séquençage?

Résumé - Amorces PCR VS Séquençage Amorces

Les amorces de séquençage sont utilisées dans le contexte du séquençage d'un fragment d'ADN avec l'intention de révéler son identité spécifique. Une amorce de séquençage sera suffisante pour exécuter le processus. Pour obtenir de bons résultats de séquençage, les amorces et les modèles de haute qualité sont importants. Ainsi, lorsque les amorces sont sélectionnées, ils doivent être uniques à une région particulière où nous désirons séquencer. Les amorces de PCR sont des brins d'ADN courts avec une longueur nucléotidique de 18-25 qui est compatible avec le début et la région finale des fragments d'ADN qui doivent être amplifiés. Les amorces de PCR peuvent être une amorce vers l'avant et un amorce inverse. Le contenu de la guanine et de la cytosine (GC) dans une bonne amorce devrait être dans la plage de 40-60. La température de recuit des amorces et la température de fusion sont des aspects vitaux pendant la PCR. C'est la différence entre les amorces de PCR et les amorces de séquençage.

Référence:

1.«Réaction en chaîne par polymérase (PCR).”Khan Academy. Disponible ici
2.«Les amorces de séquençage et la conception des amorces.”Primers de séquençage et conception d'amorce | Services ADN de base universitaires | Université de Calgary. Disponible ici    

Image gracieuseté:

1.'Primers Revcomp'by Zephyris - Propre travaux, (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia 
2.«DNA Sequencin 3 Méthodes d'étiquetage» par Abizar (Uploader original) chez English Wikipedia - Transféré par Gustavocarra., (Domaine public) via Commons Wikimedia