Différence entre l'exome et le séquençage de l'ARN

Différence clé - Exome vs ARN séquençage
 

Le séquençage d'acide nucléique est la technique qui détermine l'ordre des nucléotides dans un fragment particulier d'ADN ou d'ARN d'un organisme. Le séquençage est important pour identifier la composition de l'ADN et de l'ARN de la cellule et de la distinction de certains gènes qui code pour les protéines fonctionnelles; Ainsi, le séquençage peut être utilisé pour comprendre les mutations de ces gènes et expressions de gènes. La méthode de séquençage Sanger ou les méthodes de séquençage de nouvelle génération les plus avancées sont les méthodes de séquençage qui sont couramment utilisées. Le séquençage de l'exome est le séquençage de l'ensemble complet d'exons ou de régions d'ADN codantes présentes dans un organisme tandis que le séquençage d'ARN est la procédure de séquençage des acides ribonucléiques (ARN). C'est la principale différence entre l'exome et le séquençage de l'ARN.

CONTENU

1. Aperçu et différence clé
2. Qu'est-ce que le séquençage de l'exome
3. Qu'est-ce que le séquençage d'ARN
4. Similitudes entre le séquençage de l'exome et de l'ARN
5. Comparaison côte à côte - Exome vs Sequençage d'ARN sous forme tabulaire
6. Résumé

Qu'est-ce que le séquençage de l'exome?

L'exome est un sous-ensemble du génome qui se compose des gènes codants d'un organisme particulier. Les gènes de codage sont nommés comme des exons et sont transcrits en ARNm puis traduits en séquences d'acides aminés. Pendant les modifications post-transcriptionnelles, le mécanisme d'épissage de l'ARN dans les eucaryotes supprime les introns (régions non codantes) et les exons restent. Il existe deux techniques principales dans lesquelles le séquençage de l'exome est effectué: une solution basée sur une solution et basée sur un tableau.

Dans le séquençage d'exome basé sur une solution, les échantillons d'ADN sont fragmentés à l'aide d'enzymes de restriction ou de méthode mécanique et dénaturés par chaleur. Dans cette technique, des sondes d'oligonucléotides biotinylées (appâts) sont utilisées pour hybrider sélectivement avec les régions cibles du génome. Les billes de streptavidine magnétiques sont utilisées pour l'étape de liaison. La liaison est suivie d'une étape de lavage où les séquences non liées et non ciblées sont emportées. Les cibles liées sont ensuite amplifiées en utilisant la réaction en chaîne par polymérase (PCR), puis sont séquencées en utilisant le séquençage Sanger ou les techniques de séquençage de prochaine génération.

Figure 01: séquençage d'exome

La méthode basée sur le tableau est également similaire à la méthode basée sur la solution, sauf que les fragments d'ADN sont capturés dans un micro-tableau, puis les étapes de liaison et de lavage suivent avant d'être séquencées.

Le séquençage de l'exome est utilisé dans de nombreuses applications telles que le diagnostic génétique des maladies, en thérapie génique, dans l'identification de nouveaux marqueurs génétiques, dans l'agriculture pour identifier divers traits agronomiques bénéfiques et dans les procédures de reproduction des plantes.

Qu'est-ce que le séquençage d'ARN?

Le séquençage d'ARN est basé sur le transcriptome, qui est les transcriptions complètes de la cellule. Les principaux objectifs du séquençage de l'ARN sont de cataloguer toutes les espèces de la transcription, y compris l'ARNm, l'ARN non codant et le petit ARN, pour déterminer la structure transcriptionnelle des gènes et quantifier les niveaux d'expression de chaque transcription pendant le développement. Pendant le séquençage de l'ARN, les technologies d'hybridation (qui étaient des ADN complémentaires dérivées de séquences d'ARNm mature) ont été initialement utilisées pour le séquençage. À l'heure actuelle, une technique plus précise et avancée à travers la put est utilisée pour le séquençage d'ARN.

Figure 02: séquençage d'ARN

Dans le séquençage de l'ARN, un échantillon d'ARN qui peut être l'ARN total ou l'ARN fractionné est converti en son ADN complémentaire (ADNc) en utilisant une transcription inverse, et une bibliothèque d'ADNc est préparée. Chaque fragment d'ADNc est attaché aux adaptateurs des deux côtés (séquençage d'extrémité de paire) ou d'un côté (séquençage à une seule extrémité). Ces séquences marquées sont séquencées en utilisant le séquençage Sanger ou la prochaine génération, comme le séquençage de l'exome.

Quelles sont les similitudes entre l'exome et le séquençage d'ARN?

• De courts fragments sélectionnés ou l'ensemble entier d'ADN / ARN peuvent être utilisés pour le séquençage de l'exome ou de l'ARN.
• Les fragments séquencés sont conservés dans les bibliothèques.
• Le séquençage Sanger ou le séquençage de prochaine génération peut être utilisé.
• Les deux sont des méthodes de séquençage in vitro.
• Les fragments séquencés peuvent être déterminés par des étiquettes fluorescentes.

Quelle est la différence entre l'exome et le séquençage d'ARN?

Résumé - Exome vs ARN séquençage

L'exome est l'ensemble complet des régions codantes d'un organisme et les techniques impliquées dans la détermination de l'ordre de nucléotide exact de l'exome est connu sous le nom de séquençage d'exome. Le séquençage de l'ARN est la technique impliquée dans la détermination de l'ordre nucléotidique de l'ARN d'un organisme. C'est la différence entre l'exome et le séquençage d'ARN.

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Les références:

1.Wang, Zhong, et al. «RNA-seq: un outil révolutionnaire pour la transcriptomique.»Nature Reviews. Génétique, u.S. Bibliothèque nationale de médecine, Jan. 2009, disponible ici. Consulté le 3 septembre. 2017.
2.Warr, Amanda, et al. «Séquençage à l'exome: perspectives actuelles et futures.»G3: Genes | Genomes | Genetics, Genetics Society of America, août. 2015, disponible ici. Consulté le 3 septembre. 2017.

Image gracieuseté:

1. «Film de travail de séquençage de l'exome 1a» par Malachi Griffith, Jason R. Walker, Nicholas C. Espions, Benjamin J. Ainscough, obi l. Griffith - (CC par 2.5) Via Commons Wikimedia
2. "Journal.PCBI.1004393.G002 ”par Sarahkusala - Propre travaux (CC par 3.0) via Commons Wikimedia