Différence entre le consensus PCR et PAN PCR

Le différence clé entre le consensus PCR et PAN PCR est que La PCR consensus cible toujours les régions conservées tandis que la PC PCR cible les régions variables pour identifier différentes souches d'un groupe

La réaction en chaîne par polymérase (PCR) est une technique d'amplification génique qui se compose de trois étapes principales comme dénaturation, recuit et extension. Ceci est largement utilisé dans les diagnostics et l'identification moléculaire. Les techniques de PCR et PCR consensus sont basées sur les cibles d'amorce que chaque type de PCR utilise.

CONTENU

1. Aperçu et différence clé
2. Qu'est-ce que le consensus PCR 
3. Qu'est-ce que PAN PCR
4. Similitudes entre le consensus PCR et PAN PCR
5. Comparaison côte à côte - PCR consensus vs PAN PCR sous forme tabulaire
6. Résumé

Qu'est-ce que le consensus PCR?

Le consensus PCR est une technique de PCR qui cible une région conservée pour une espèce ou des genres particuliers. Par conséquent, les régions hautement conservées sont choisies pour l'amplification. Grâce à cette méthode, les organismes peuvent être identifiés et distingués en fonction de leur consensus. Cette méthode identifie une région conservée pour une espèce particulière. Par exemple, la région d'ARNr 16S des bactéries reste une région conservée parmi les bactéries. Par conséquent, un seul ensemble d'amorces est requis pour l'amplification. Dans la plupart des cas, un apprêt universel spécifique peut être utilisé pour la région conservée.

Figure 01: Technique PCR

En suivant une méthode de PCR consensuelle, la caractérisation des espèces et les relations évolutives peuvent être déduites. Sur la base de l'efficacité d'amplification de l'organisme échantillon particulier, le consensus de l'organisme envers le groupe peut également être déduit. De plus, la conduite d'une PCR consensus est vitale dans les études phylogénétiques. Il permet l'identification d'une espèce et interprète l'écart l'organisme particulier montré en termes d'ancêtre commun.

Qu'est-ce que PAN PCR?

Une PCR PAN est un mode de multiplexage de PCR. Dans cette technique, différentes souches sont amplifiées à l'aide de diverses cibles d'amorce. Les cibles, cependant, peuvent être des cibles communes pour les groupes de tension. Ainsi, dans PAN PCR, plus de deux ensembles d'amorces peuvent être utilisés en un seul moment. Il peut avoir lieu dans une méthode de réaction à tube unique ou comme méthode de réaction multi-tube. PAN PCR est plus long et plus complexe par rapport à une PCR consensus. Pour cette raison, l'interprétation des résultats de la PCR peut également être plus complexe dans PAN PCR.

L'application principale de PCR PCR est dans les diagnostics moléculaires. Il permet de distinguer les différentes souches d'une espèce par amplification cible. La PCR PCR est une technique idéale pour identifier différentes souches d'une seule espèce provoquant une maladie. Dans la plupart des cas, l'automatisation des techniques PAN PCR pour diverses conditions de santé est très importante et est une technique fiable et très efficace.

Quelles sont les similitudes entre le consensus PCR et PAN PCR?

• La PCR consensus et la PCR PAN sont deux types de techniques de PCR.
• Les deux procédures suivent la procédure générale en trois étapes - dénaturation, recuit et extension.
• Ils utilisent des amorces qui sont spécifiques.
• Les deux réactions ont lieu dans un thermal cycler.
• Ces réactions peuvent être automatisées.
• Les deux peuvent être utilisés dans le diagnostic moléculaire et l'identification; Cependant, la précision varie.
• Ces procédures nécessitent une validation.

Quelle est la différence entre le consensus PCR et PAN PCR?

Le consensus et le PAN PCR suivent la même procédure de routine. Cependant, la différence clé entre la PCR consensus et la PCR PAN est basée sur les cibles d'amorce que chaque procédure utilise. Alors que la PCR consensus cible toujours les régions conservées, une PCR PCR cible les régions variables pour identifier différentes souches d'un groupe. En raison de cette différence, les protocoles de conception d'amorces, le nombre d'ensembles d'amorces utilisés et les applications spécifiques varient.

L'infographie ci-dessous résume la différence entre la PCR consensus et la PCR PAN.

Résumé - Consensus PCR vs PAN PCR

La PCR, introduite par Mulli, joue un rôle révolutionnaire important dans les applications de biologie moléculaire. Le consensus et la PCR PAN sont deux types de PCR en fonction de leurs régions cibles d'amorce. Alors que le consensus PCR cible les régions conservées, PAN PCR cible les régions variables et joue un rôle important dans l'identification de la souche. En raison de cette différence fondamentale entre la PCR consensus et la PCR PAN, les fonctions spécifiques de chaque type de PCR varient également de l'analyse phylogénétique à la caractérisation moléculaire aux diagnostics moléculaires.

Référence:

1. Merkelbach-Bruse, S, et al. «Réaction en chaîne par consensus polymérase et dosage immuno-enzymatique pour la détection humaine du papillomavirus et la saisie des échantillons cervicaux.»Pathologie moléculaire diagnostique: l'American Journal of Surgical Pathology, partie B, U.S. Bibliothèque nationale de médecine, MAR. 1999, disponible ici.
2. Yang, Joy Y, et al. «Pan-PCR, une méthode de calcul pour concevoir des tests de type bactérie basés sur des données de séquence du génome entier.»Journal of Clinical Microbiology, American Society for Microbiology, MAR. 2013, disponible ici.

Image gracieuseté:

1. «Réaction en chaîne par polymérase» par Enzoklop - Propre travaux (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia