Quelle est la différence entre le profilage polysome et le profilage ribosome

Le différence clé entre le profilage polysome et le profilage ribosome est que le profilage polysome analyse le comportement du ribosome en utilisant à la fois le ribosome et l'ARNm (polysome) pendant la traduction, tandis que le profilage du ribosome analyse le comportement du ribosome uniquement en utilisant la séquence d'ARNm pendant la traduction.

La traduction est la deuxième phase de la synthèse des protéines qui convertit les informations de l'ARNm en une séquence d'acides aminés. Translatomics est une étude des ORF (cadres de lecture ouverte) qui sont activement traduits dans une cellule d'un organisme. Les techniques de profilage polysome et ribosome sont deux types de techniques dans le domaine de la biologie moléculaire pour évaluer et déduire différents paramètres dans le contexte de l'analyse de la translate.

CONTENU

1. Aperçu et différence clé
2. Qu'est-ce que le profilage polysome
3. Qu'est-ce que le profilage des ribosomes
4. Similitudes - profilage polysome et profilage ribosome
5. Profilage polysome vs profilage ribosome sous forme tabulaire
6. Résumé - profilage polysome vs profilage ribosome

Qu'est-ce que le profilage polysome?

Le profilage polysome est une technique qui déduit le statut de traduction d'un ARNm spécifique en analysant le comportement du ribosome et de l'ARNm (polysome). En d'autres termes, cette technique fournit des données et des conclusions sur l'association des ARNm avec les ribosomes. Le polysome fait référence au groupe de ribosomes lié à un ARNm qui est présent pendant la phase d'allongement de la traduction.

Figure 01: profilage polysome

Le profilage polysome nécessite le lysat cellulaire, qui est ensuite centrifugé. L'échantillon centrifugé est ensuite séparé en fonction de leurs densités pour caractériser les petites et grandes sous-unités des ribosomes et l'ARNm correspondant impliqués dans la formation du polysome. De plus, le processus implique également de mesurer la densité optique. Les experts sont tenus d'effectuer un profilage polysome.

La technique de profilage polysome est un outil important pour de nombreuses applications. Les scientifiques utilisent cette technique pour étudier le degré de traduction dans les cellules. Plus précisément, il s'agit d'un outil pour fournir des informations précises sur l'étude des protéines individuelles et de leurs ARNm spécifiques. Dans le contexte de l'étude du degré de traduction d'un ARNm particulier, la technique de profilage polysome est vitale. Ici, les séquences 3 'et 5' d'un ARNm peuvent être étudiées en référence à leurs effets sur la quantité d'ARNm produite et le niveau de traduction.

Qu'est-ce que le profilage des ribosomes?

Le profilage des ribosomes est une technique qui analyse le comportement du ribosome par rapport à son ARNm pendant la traduction. Cette technique a été trouvée et développée par Joan Steitz et Marilyn Kozak. Plus tard, cette technologie a été développée par deux scientifiques, Nicholas et Jonathan, en combinaison avec le séquençage de nouvelle génération, ce qui a conduit au développement de différentes techniques connexes telles que la traduction de la méthodologie de purification d'affinité des ribosomes (TRAP).

Figure 02: séquençage des ribosomes

La procédure de profilage ribosome consiste à isoler l'ARNm, à éliminer l'ARN qui n'est pas lié aux ribosomes et à séparer l'ARNm lié aux ribosomes. Suite à cette procédure, l'isolat d'ARNm est transcrit inverse et la synthèse d'ADNc a lieu. Enfin, les données de séquence peuvent être alignées sur le profil de translation pour déduire les caractéristiques du comportement ribosome par rapport à l'ARNm.

Le profilage des ribosomes aide de nombreux chercheurs à identifier et à déduire l'emplacement des sites de début de la traduction, le complément de trames de lecture ouvertes traduites (ORF) dans une cellule ou un tissu, la distribution des ribosomes sur l'ARNm et le taux de traduire des ribosomes. Le profilage des ribosomes est également connu sous le nom d'empreinte ribosome ou de ribo seq.

Quelles sont les similitudes entre le profilage polysome et le profilage ribosome?

• Le profilage polysome et ribosome est des techniques biologiques moléculaires importantes dans la recherche.
• Ils fournissent des informations sur le processus de traduction.
• Les deux processus de profilage fournissent des données grâce à l'analyse du translate.
• Des experts professionnels sont nécessaires pour effectuer les deux techniques pour des résultats précis.
• Les outils de bioinformatique jouent un rôle important dans les deux techniques.

Quelle est la différence entre le profilage polysome et le profilage ribosome?

Le profilage polysome analyse le comportement des ribosomes en utilisant à la fois le ribosome et l'ARNm (polysome) pendant la traduction, tandis que le profilage du ribosome analyse le comportement du ribosome uniquement en utilisant la séquence d'ARNm pendant la traduction. Ainsi, c'est la principale différence entre le profilage polysome et le profilage des ribosomes. De plus, le profilage polysome implique des techniques telles que la centrifugation du gradient de densité et les mesures de densité optique, tandis que le profilage des ribosomes implique des techniques d'extraction et de séquençage de l'ARNm. De plus, le profilage des ribosomes est plus précis que le profilage polysome.

L'infographie ci-dessous présente les différences entre le profilage du polysome et du ribosome sous forme tabulaire pour une comparaison côte à côte.

Résumé - profilage polysome vs profilage ribosome

La traduction est la deuxième phase de synthèse des protéines qui implique de convertir les informations sur la séquence d'ARNm en une séquence d'acides aminés. Ce processus nécessite un modèle d'ARNm, des ribosomes, des acides aminés, l'ARNt et d'autres facteurs. Le profilage polysome et ribosome est deux techniques moléculaires. Le profilage polysome analyse le comportement des ribosomes en utilisant à la fois le ribosome et l'ARNm (polysome) pendant la traduction, tandis que le profilage du ribosome analyse le comportement du ribosome uniquement en utilisant la séquence d'ARNm pendant la traduction. Le profilage polysome implique des techniques comme la centrifugation du gradient de densité et les mesures de densité optique. Le profilage des ribosomes implique des techniques comme l'extraction d'ARNm, la synthèse d'ADNc et le séquençage. Ainsi, cela résume la différence entre le profilage polysome et le profilage des ribosomes.

Référence:

1. Chassé, Héloïse, et al. «Analyse de la traduction à l'aide du profilage polysome.»Nucleic Acids Research, 2016.
2. Jin, Hyun Yong et Changchun Xiao. «Une méthode intégrée de profilage polysome et de profilage ribosome pour étudier in vivo translatome.»Methods in Molecular Biology, 2017, pp. 1-18., https: // doi.org / 10.1007 / 978-1-4939-7514-3_1.

Image gracieuseté:

1. «Techniques de translatomique importantes» par Polyribosome - propre travail (CC BY-SA 4.0) via Commons Wikimedia
2. «Ribosomeprofilejpg» par Dennispietras - propre travail (CC By-sa 4.0) via Commons Wikimedia