Quelle est la différence entre les tests de PCR imbriqués et en temps réel conventionnels

Le différence clé entre les tests de PCR imbriqués conventionnels et en temps réel est que la PCR conventionnelle est une technique développée pour amplifier des séquences spécifiques d'ADN et de la PCR imbriquée est une modification de la PCR conventionnelle qui se compose de deux réactions d'amplification séquentielles, tandis que la PCR en temps réel est une variante de la PCR conventionnelle qui est capable de quantifier le produit amplifié.

La PCR est une technique scientifique très courante largement utilisée dans la recherche et la médecine pour détecter l'ADN. Les tests de PCR sont utilisés pour détecter les antigènes en détectant leur ADN ou ARN. Généralement, l'ARN viral est présent dans le corps avant de détecter les anticorps ou d'afficher les symptômes de la maladie. Un test de PCR peut dire si quelqu'un a ou non le virus très tôt. Actuellement, la PCR est le test standard pour détecter la maladie Covid-19. Il existe différents types de techniques de PCR telles que la PCR en temps réel, la PCR imbriquée, la PCR multiplex, la PCR à démarrage à chaud et la PCR à longue portée, etc.

CONTENU

1. Aperçu et différence clé
2. Quels sont les tests de PCR conventionnels
3. Que sont les tests de PCR imbriqués
4. Quels sont les tests de PCR en temps réel
5. Similitudes - tests de PCR imbriqués et en temps réel conventionnels
6. Dosages PCR en temps réel vs vs vs en temps réel sous forme tabulaire
7. Résumé - Dosages PCR en temps réel vs vs vs en temps réel

Quels sont les tests de PCR conventionnels?

Le test de PCR conventionnel est un in vitro Technique d'amplification ADN réalisée régulièrement dans les laboratoires biologiques moléculaires. Cette méthode a permis la production de milliers à des millions d'exemplaires d'un fragment d'ADN particulier. Kary Mullis a présenté cette technique en 1980. Cette technique nécessite un fragment d'ADN connu sous le nom de modèle afin d'en faire de nombreuses copies. Taq polymérase fonctionne comme l'enzyme de l'ADN polymérase et catalyse la synthèse de nouveaux brins de la séquence de matrice.

Les amorces dans le mélange PCR fonctionneront comme points de départ pour les extensions de fragment. Tous les ingrédients nécessaires pour fabriquer des copies de l'ADN sont inclus dans le mélange de PCR. La réaction de PCR est exécutée dans une machine de PCR, et elle doit être alimentée avec le mélange PCR correct et le programme de PCR correct. Si le mélange réactionnel et le programme sont corrects, il produira le nombre requis de copies d'une section particulière d'ADN à partir d'une très petite quantité d'ADN.

Figure 01: test PCR conventionnel

Il y a trois étapes principales impliquées dans une réaction de PCR: dénaturation, recuit des amorces et extension des brins. Ces trois étapes se produisent à trois températures différentes. Le tampon de PCR maintient les conditions optimales pour l'action Taq polymérase. Ces trois étapes de la réaction de PCR sont répétées pour produire la quantité requise du produit PCR. À chaque réaction de PCR, le nombre de copies d'ADN double. Par conséquent, une amplification exponentielle peut être observée dans PCR. Le produit de PCR peut être résolu à l'aide d'électrophorèse sur gel car il produit une quantité visible d'ADN sur un gel, et il peut être purifié pour d'autres études telles que le séquençage.

La PCR est un outil précieux dans la recherche médicale et biologique. Surtout dans les études médico-légales, la PCR a une valeur immense car elle peut amplifier l'ADN pour les études des minuscules échantillons des criminels et faire des profils d'ADN médico-légaux. La PCR est largement utilisée dans de nombreux domaines de la biologie moléculaire, notamment, le génotypage, le clonage des gènes, la détection de mutation, le séquençage de l'ADN, les puces à ADN et les tests de paternité.

Que sont les tests de PCR imbriqués?

La PCR imbriquée est un type de PCR qui réduit l'amplification non spécifique de l'ADN. Il y a deux PCR successives ou deux réactions d'amplification séquentielle dans le test PCR imbriqué. Au cours de la première réaction d'amplification, un produit PCR est produit. Après la première réaction, une deuxième réaction d'amplification est effectuée sur le produit PCR de la première réaction. Par conséquent, les amorces dans le deuxième mélange réactionnel se lient avec le premier produit PCR et l'amplifient.

Figure 02: PCR imbriquée

Les paires d'amorces sont différentes dans chaque réaction. La liaison non spécifique des amorces est réduite dans la PCR imbriquée. Les tests de PCR imbriqués sont utiles pour augmenter la sensibilité et / ou la spécificité. Cependant, la PCR imbriquée nécessite des connaissances sur la séquence intéressée.

Quels sont les tests de PCR en temps réel?

La PCR en temps réel ou la PCR quantitative (Q PCR) est une version modifiée de PCR qui mesure quantitativement les produits de PCR. Par conséquent, cette technique quantifie l'amplification en temps réel à l'aide d'une machine de PCR en temps réel. Il s'agit également d'une méthode appropriée pour déterminer la quantité d'une séquence ou d'un gène cible présent dans un échantillon.

La caractéristique intéressante de la PCR en temps réel est qu'elle combine à la fois l'amplification et la véritable quantification en une seule étape. Par conséquent, le besoin d'électrophorèse sur gel pour la détection peut être éliminé par la technique de PCR en temps réel. L'utilisation de colorants fluorescents pour étiqueter les produits de PCR pendant les réactions de PCR entraînera éventuellement une quantification directe. Lorsque les produits PCR sont accumulés, les signaux fluorescents sont également accumulés et ils seront mesurés par la machine en temps réel. SYBR Green et Taqman sont deux méthodes pour détecter ou regarder le processus d'amplification de la PCR en temps réel. Les deux méthodes surveillent les progrès du processus d'amplification et signalent la quantité du produit en temps réel.

Figure 03: PCR en temps réel

La PCR en temps réel a une grande variété d'applications telles que la quantification de l'expression des gènes, l'analyse des microARN et non codante d'ARN, le génotypage du SNP, la détection des variantes du nombre de copies, la détection de mutations rares, la détection d'organismes génétiquement modifiés et la détection d'agents infectieux.

Quelles sont les similitudes entre les tests de PCR imbriqués et en temps réel conventionnels?

• Les tests de PCR imbriqués et en temps réel sont des modifications du test de PCR conventionnel.
• Les trois techniques amplifient les échantillons d'ADN.
• Leurs produits peuvent être utilisés dans le séquençage ou l'analyse.
• Ces tests nécessitent des amorces.

Quelle est la différence entre les tests de PCR imbriqués et en temps réel conventionnels?

La PCR conventionnelle est une technique développée pour amplifier des séquences spécifiques d'ADN. Pendant ce temps, la PCR imbriquée est une modification de la PCR conventionnelle qui se compose de deux réactions d'amplification séquentielles, et la PCR en temps réel est une variante de la PCR conventionnelle qui est capable de quantifier le produit amplifié.  C'est donc la principale différence entre les tests de PCR imbriqués et en temps réel conventionnels. Contrairement à la PCR conventionnelle et en temps réel, la PCR imbriquée utilise deux ensembles d'amorces. De plus, il existe deux réactions d'amplification successives dans la PCR imbriquée afin de réduire l'amplification non spécifique. En outre, les tests de PCR conventionnels et en temps réel ne contiennent pas deux réactions d'amplification séquentielles.

L'infographie suivante répertorie les différences entre les tests de PCR imbriqués et en temps réel conventionnels sous forme tabulaire pour une comparaison côte à côte.

Résumé - Dosages PCR en temps réel vs vs vs en temps réel

La PCR conventionnelle est la première technique développée pour amplifier des fragments spécifiques d'ADN. La PCR imbriquée et la PCR en temps réel sont deux variantes de PCR conventionnelle. Il y a deux réactions d'amplification séquentielle et l'utilisation de deux ensembles d'amorces dans PCR imbriqués. La PCR en temps réel est développée pour quantifier le produit de PCR amplifié. Ainsi, cela résume la différence entre les tests de PCR imbriqués et en temps réel conventionnels.

Référence:

1. Green Mr, Sambrook J. «Réaction en chaîne en polymérase imbriquée (PCR).”Protocoles Cold Spring Harbor, u.S. Bibliothèque nationale de médecine.
2. «Réaction en chaîne en polymérase en temps réel.«Un aperçu | Sujets ScienceDirect.

Image gracieuseté:

1. «Réaction en chaîne par polymérase» par Enzoklop - Propre travaux (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia
2. «PCR niché» par Zephyris au Wikipedia en anglais (CC By-SA 3.0) via Commons Wikimedia
3. «PCR en temps réel» par İnformatique - propre travail (CC By-SA 3.0) via Commons Wikimedia