Différence entre la traduction de nick et le remplissage final

Le différence clé entre la traduction de nick et le remplissage final est que La traduction de Nick est un processus qui crée des sondes d'ADN marquées pour diverses réactions d'hybridation tandis que le remplissage fin.

La traduction de Nick et le remplissage final sont deux techniques utilisées en biologie moléculaire. La traduction de Nick est utilisée pour l'étiquetage des sondes pour l'hybridation afin de détecter des séquences nucléotidiques spécifiques. Le remplissage d'extrémité est utilisé pour faire des fragments émoussés qui avaient des extrémités collantes avec des surplombs simples. Les deux techniques ont une grande importance, et elles sont régulièrement réalisées dans les laboratoires de recherche moléculaire.

CONTENU

1. Aperçu et différence clé
2. Qu'est-ce que la traduction de Nick 
3. Qu'est-ce que le remplissage final
4. Similitudes entre la traduction de nick et le remplissage final
5. Comparaison côte à côte - Traduction de nick vs remplissage d'extrémité sous forme tabulaire
6. Résumé

Qu'est-ce que la traduction de Nick?

La traduction de Nick est une technique importante utilisée pour préparer des sondes marquées pour diverses techniques biologiques moléculaires telles que Blotting, in situ hybridation, fluorescent in situ hybridation, etc. C'est un in vitro Méthode de marquage ADN. Les sondes d'ADN sont utilisées pour identifier des séquences d'ADN ou d'ARN spécifiques. À l'aide d'une sonde marquée, des fragments spécifiques peuvent être marqués ou visualisés à partir d'un mélange complexe d'acide nucléique. Par conséquent, les sondes étiquetées sont préparées en utilisant diverses techniques. La traduction de Nick est une de ces méthodes qui produit des sondes marquées à l'aide des enzymes DNase 1 et ADN polymérase 1.

Figure 01: Traduction de Nick

Le processus de traduction de Nick commence par l'activité de l'enzyme DNase 1. La DNase 1 introduit les entailles au squelette phosphate de l'ADN double brin en clivant des liaisons phosphodiester entre les nucléotides. Une fois le Nick créé, le groupe libre 3 'OH du nucléotide sera produit et l'enzyme ADN polymérase 1 agira dessus. L'activité d'exonucléase de 5 'à 3' de l'ADN polymérase 1 élimine les nucléotides du nick vers la direction 3 'du brin d'ADN.

Simultanément, l'activité polymérase de l'enzyme de l'ADN polymérase 1 fonctionne et ajoute des nucléotides pour remplacer les nucléotides retirés. Si les nucléotides sont marqués, le remplacement se produira par les nucléotides marqués, et il marquera l'ADN pour l'identification. Enfin, cet ADN marqué nouvellement synthétisé peut être utilisé comme sonde dans diverses réactions d'hybridation.

Qu'est-ce que le remplissage final?

Le remplissage final est une technique utilisée en biologie moléculaire pour faire des fragments émoussés. La digestion des restrictions produit des fragments avec des surplombs. Ces fragments peuvent ne pas être compatibles pour ligature dans les vecteurs plasmidiques. Les vecteurs sont souvent émoussés pour permettre à les extrémités non compatibles d'être jointes. Par conséquent, les fragments avec des surplombs peuvent être émoussés en ajoutant les nucléotides au brin complémentaire en utilisant le surplomb comme matrice de polymérisation. Ce processus est connu comme le remplissage final.

Les ADN polymérases telles que le fragment de klenow de l'ADN polymérase I et de l'ADN polymérase T4 catalysent le remplissage d'extrémité. Ils ajoutent des nucléotides pour remplir (5 '→ 3') et mâcher en arrière (3 '→ 5'). Une fois les extrémités collantes remplies, ils deviennent émoussés et ils sont prêts à ligature dans un vecteur.

De plus, le remplissage final peut être utilisé pour étiqueter les molécules d'ADN. Cependant, il ne peut être utilisé que pour étiqueter les molécules d'ADN avec des extrémités collantes. Par rapport à la traduction de Nick, le remplissage final est une méthode plus douce qui provoque rarement des ruptures d'ADN.

Quelles sont les similitudes entre la traduction de nick et le remplissage final?

• La traduction de Nick et le remplissage final sont des techniques biologiques moléculaires.
• Ils peuvent être utilisés pour étiqueter les sondes.
• Les deux sont in vitro

Quelle est la différence entre la traduction de nick et le remplissage final?

La traduction de Nick est une technique qui crée des sondes étiquetées pour l'hybridation. En revanche, le remplissage final est une technique qui crée des fragments émoussés pour la ligature dans les vecteurs. Donc, c'est la principale différence entre la traduction de Nick et le remplissage final. De plus, la traduction de Nick nécessite l'utilisation d'une activité d'exonucléase de 5'to 3 tandis que le remplissage final ne nécessite pas une activité d'exonucléase de 5'to 3 '.

L'infographie ci-dessous tabule les différences entre la traduction de Nick et la fin de remplissage plus en détail.

Résumé - Traduction de nick vs remplissage de fin

La traduction de Nick est une méthode qui intègre des nucléotides radiomarquées dans l'ADN. Il synthétise des sondes étiquetées sur la base des activités de la DNase 1 et E. coli Enzymes ADN polymérase 1. Le remplissage final, en revanche, est une technique qui produit des fragments émoussés. Lorsque les fragments ont des extrémités collantes (surplombs simples), il est nécessaire de les faire des extrémités émoussées afin de ligature en vecteurs. Le remplissage final ajoute des nucléotides compatibles et crée des fragments d'extrémité émoussés afin de les rendre compatibles pour la ligature. Ainsi, cela résume la différence entre la traduction de Nick et le remplissage final.

Référence:

«Blunting: Neb.»New England Biolabs: réactifs pour l'industrie des sciences de la vie, disponible ici.
"Traduction de Nick - un aperçu". ScienceDirect.Com, 2020, disponible ici.

Image gracieuseté:

1. «Fish (Hybridation fluorescente in situ)» par Mrmatze - Propre travaux (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia