Différence entre le génotypage et le séquençage

Différence clé - génotypage vs séquençage
 

Le génotypage et le séquençage sont deux techniques effectuées pour obtenir des informations sur les acides nucléiques, principalement l'ADN d'un organisme. La principale différence entre le génotypage et le séquençage est que Le génotypage est le processus de détermination de la variante génétique que l'individu possède en utilisant des marqueurs tandis que le séquençage est la détermination de l'ordre correct de la séquence nucléotidique dans le fragment donné de l'ADN.

CONTENU
1. Aperçu et différence clé
2. Qu'est-ce que le génotypage
3. Qu'est-ce que le séquençage
4. Comparaison côte à côte - génotypage vs séquençage
5. Résumé

Qu'est-ce que le génotypage?

Le génotypage est la détermination de la composition génétique d'un individu à l'aide d'une séquence d'ADN et de marqueurs et de comparaison et d'identification de son héritage. Le génotypage est important en biologie évolutive, biologie de la population, taxonomie, écologie et génétique des organismes. Il peut être effectué par différentes techniques, notamment le séquençage de l'ADN, la réaction en chaîne par polymérase, le polymorphisme de longueur de fragment de restriction (RFLP), la détection polymorphique amplifiée aléatoire, le polymorphisme de longueur de fragment amplifié (AFLP), les microréseaux d'ADN, etc.

Le génotypage implique le séquençage de petits fragments particuliers de séquences d'ADN et la découverte de la parenté de la composition génétique avec d'autres individus utilisant des marqueurs génétiques. Il détermine les polymorphismes mononoméotidiques (SNP) parmi les individus ou les allèles spécifiques. Le génotypage est applicable à un large éventail d'organismes, y compris les humains. Il s'applique également aux micro-organismes tels que les virus, les champignons, etc. et peut être utilisé pour déterminer leurs variantes génétiques avec les profils de référence. Dans l'épidémiologie moléculaire et la microbiologie médico-légale, le contrôle des agents pathogènes, en particulier les micro-organismes, se fait par les informations obtenues à partir du génotypage. Le génotypage est très important dans l'analyse de pedigree. Les humains sont génotypés pour confirmer la maternité et la paternité. Le génotype révélera les allèles dominants et récessifs de gènes qui décident des traits spécifiques.

Figure_1: génotypage RFLP

Qu'est-ce que le séquençage?

Le séquençage est le processus de détermination de l'ordre correct du nucléotide dans un fragment donné d'ADN ou d'ARN. Pratiquement toutes les informations requises pour la croissance et le développement d'un organisme sont codées dans son génome. La disponibilité de techniques pour produire et séparer quelques centaines de fragments de nucléotides à acides nucléiques longs a conduit au développement de procédures de détermination de la séquence nucléotidique exacte d'un fragment donné d'ADN ou d'ARN.  Différents types de méthodes de séquençage sont disponibles aujourd'hui. Ces méthodes de séquençage, ainsi que les technologies de construction de bibliothèques de génomes représentant l'ensemble du génome d'un organisme, facilitent le séquençage de l'ensemble du génome de cet organisme, effectuant une analyse approfondie des structures géniques, des fonctions gènes, des emplacements gènes, des expressions génétiques, cartographie des gènes, régions de régulation des gènes, etc.

Les génomes totaux de nombreux virus, plusieurs bactéries, archébactéries, levure et plusieurs autres organismes ont été séquencées et cartographiées. Le projet du génome humain a permis de séquencer et de cartographier l'ensemble du génome humain et de publier sa première ébauche en 2003. C'est une étape importante dans la progression de la biologie. Les séquences du génome humain sont désormais utilisées dans le secteur médical pour identifier les causes génétiques des maladies rares, dépister le risque de maladie chez les nouveau-nés, identifier les détails génétiques de différents cancers, développer de nouvelles thérapies et développer de nouveaux outils de diagnostic, etc.

Dans le monde végétal, le génome du riz et les génomes d'Arabidopsis ont été séquencés. La connaissance de ces séquences révolutionnera sans aucun doute notre compréhension du fonctionnement des cellules et des organismes.

Figure_2: une autoradiographie du séquençage Sanger

Quelle est la différence entre le génotypage et le séquençage?

Résumé - Génotypage vs séquençage

Le génotypage et le séquençage sont utiles pour étudier les informations génétiques des organismes. Le génotypage est le processus de détermination des variations du génotype entre les individus et de trouver leurs catégories. Le séquençage est le processus de détermination de l'ordre correct des nucléotides dans le fragment intéressé ou la région de l'ADN. Les deux techniques fournissent des informations importantes sur les gènes et les génomes.

Référence:
1. «Méthodes de génotypage.»Méthodes en biologie moléculaire (Clifton, N.J.). U.S. Bibliothèque nationale de médecine, n.d. la toile. 20 février. 2017.
2. Akey, J. M., D. Sosnoski, e. Parra, s. Dios, K. Heister, B. Su, c. Bonilla, L. Jin et M. D. Tartiner. «Analyse de la courbe de fusion des SNP (MCSNP ): une approche sans gel et peu coûteuse pour le génotypage du SNP.”Biotechniques 30.2 (2001): 358-67. la toile.

Image gracieuseté:
1. «RFLP Genotyping» par (inconnu) - National Institutes of Health (Domain public) via Commons Wikimedia
2. «Radioactive Fluorescent» par Abizar à English Wikipedia (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia