Quelle est la différence entre Hg19 et Hg38

Le différence clé Entre Hg19 et Hg38 est que Hg19 est un génome de référence humaine qui a 7 régions avec des loci alternatifs, tandis que Hg38 est un génome de référence humaine qui a 207 régions avec des loci alternatifs.

Les génomes de référence jouent un rôle important dans la cartographie des séquences d'ADN pour les analyses phylogénétiques et basées sur la bioinformatique. Il représente un ensemble complet de gènes d'un organisme. En d'autres termes, c'est une représentation de la séquence du génome d'un organisme. Il existe différents génomes entiers de référence qui sont disponibles gratuitement pour être utilisés pour la cartographie génomique. La base de données RefSeq de NCBI est l'une des sources communes de ces types de génomes de référence. Il comprend des génomes de référence de différents organismes, y compris les procaryotes, les eucaryotes et les virus. Il existe deux principaux types de génomes humains de référence en tant que HG19 ou GRCH37 et HG38 ou GRCH38. Ce sont des assemblages du génome humain développés par le Genome Reference Consortium (GRC).

CONTENU

1. Aperçu et différence clé
2. Qu'est-ce que HG19 
3. Qu'est-ce que HG38
4. Similitudes - HG19 et HG38
5. HG19 vs Hg38 sous forme tabulaire
6. Résumé - HG19 vs HG38

Qu'est-ce que HG19?

HG19, également connu sous le nom de Genome Reference Consortium Human Build 37 (GRCH37), est un génome de référence publié en 2009 par le Genome Reference Consortium. C'est un génome haploïde avec des loci alternatifs. Il y a 7 régions qui représentent les loci alternatifs dans le génome de référence HG19. Le génome de référence HG19 a été développé en séquençant les clones finis obtenus du projet du génome humain. De plus, les produits de PCR et les séquences de fusil de chasse ont également été utilisés pour construire le génome de référence HG19.

La longueur totale de séquence du génome de référence HG19 est de 3 101 788 170 bps, et il se compose de 249 échafaudages. De plus, il y a 271 lacunes entre les échafaudages. Lorsque vous envisagez le nombre de clones dans les séquences de composants, il y a 27 054 clones. Le génome de référence comprend un nombre total de 24 chromosomes et plasmides.

Qu'est-ce que HG38?

HG38, également connu sous le nom de Genome Reference Consortium Human Build 38 (GRCH38), est le génome de référence humain le plus récent développé par le Genome Reference Consortium en 2017. Plusieurs loci ont été ajoutés au génome, et une récente mise à jour a également été publiée en mars 2022. Il y a 207 régions qui représentent les loci alternatifs, qui sont bien améliorés que la version HG19. Le génome de référence HG38 a 349 lacunes dans le génome. Ces lacunes se trouvent principalement dans les régions du télomère, du centromère et entre les longues séquences répétitives. Les produits PCR et les séquences de fusil de chasse sont utilisés pour combler les lacunes si nécessaire.

Figure 02: Hg38

La longueur totale de séquence du génome de référence HG38 est de 3 099 734 149 bps, et il se compose de 473 échafaudages. Lorsque vous envisagez le nombre de clones dans les séquences de composants, il y a 35 614 clones. Le génome de référence HG38 comprend un nombre total de 24 chromosomes et plasmides.

Quelles sont les similitudes entre HG19 et HG38?

• Hg19 et Hg38 sont des séquences d'ADN.
• Les deux génomes sont dérivés après l'achèvement du projet du génome humain.
• De plus, ils agissent comme des séquences de référence pour le génome humain.
• Les deux séquences ont été développées par le Consortium de référence du génome.
• De plus, ils se composent de lacunes dans le génome de référence.
• HG19 et HG38 ont 24 chromosomes et plasmides dans leur génome.
• Les applications de HG19 et HG38 sont largement observées en bioinformatique et analyses phylogénétiques.

Quelle est la différence entre Hg19 et Hg38?

Le génome de référence HG19 a 7 régions avec des loci alternatifs, tandis que le génome de référence HG38 a 207 régions avec des loci alternatifs. Ainsi, c'est la principale différence entre Hg19 et Hg38. Alors que le génome de référence HG19 a été développé en 2009, le génome de référence HG38 a été développé en 2017. De plus, il y a 271 lacunes entre les échafaudages dans le génome HG19, tandis que le génome HG38 a 349 lacunes.

L'infographie ci-dessous présente les différences entre Hg19 et Hg38 sous forme tabulaire pour une comparaison côte à côte.

Résumé - HG19 vs HG38

Hg19 et Hg38 sont des génomes de référence humaine développés par le génome de référence Consortium. Ils sont importants dans les gènes de cartographie humaine afin de terminer les analyses bioinformatiques et phylogénétiques. Le génome de référence HG19 a 7 régions avec des loci alternatifs. Le génome de référence HG38 a 207 régions avec des loci alternatifs. Le génome de référence HG19 a été développé en 2009, tandis que le génome de référence HG38 a été développé en 2017. Le nombre de lacunes entre les échafaudages de chaque génome de référence diffère également. À cet égard, HG38 a plus de lacunes présentant des propriétés avancées. Donc, cela résume la différence entre Hg19 et Hg38.

Référence:

1. Caetano-Anolles, Derek. «Construction de référence du génome humain - Grch38 ou HG38 - B37.»Gatk.
2. Nurk, Sergey et al. «La séquence complète d'un génome humain.»Biorxiv, Cold Spring Harbor Laboratory.
3. «GRCH37 - HG19 - Génome - Assemblage - NCBI.»Information du Centre national pour la biotechnologie, u.S. Bibliothèque nationale de médecine.
4. «GRCH38 - HG38 - Genome - Assemblage - NCBI.»Information du Centre national pour la biotechnologie, u.S. Bibliothèque nationale de médecine.

Image gracieuseté:

1. «Navigateur du génome intégré 9.1.0 montrant le chromosome 1 de l'assemblage du génome humain HG38 ”par Aloraine - Propre travaux (CC BY-SA 4.0) via Commons Wikimedia