Différence entre RT PCR et qPCR
Différence clé - RT PCR vs qpcr
La réaction en chaîne en polymérase est une technique utilisée pour amplifier une région spécifique d'ADN in vitro. En raison de l'invention de cette technique par Kary Mullis en 1983, les scientifiques peuvent faire des milliers à des millions d'exemplaires de fragments d'ADN spécifiques à des fins de recherche. Actuellement, il est devenu une technique commune et régulièrement réalisée dans les laboratoires cliniques et de recherche pour une grande variété d'applications. Il existe des variations de technique de PCR traditionnelle telle que RT PCR, PCR imbriquée, PCR multiplex, Q PCR, RT - qPCR, etc. RT PCR et Q PCR sont deux variations importantes de PCR. La principale différence entre RT PCR et Q PCR est que RT PCR est utilisé pour détecter l'expression des gènes par la création deADN complémentaire (ADNc) Transcriptions de l'ARN alors que Q PCR est utilisé pour mesurer quantitativement les produits PCR en temps réel à l'aide de colorants fluorescents.
CONTENU
1. Aperçu et différence clé
2. Qu'est-ce que RT PCR
3. Qu'est-ce que QPCR
4. Comparaison côte à côte - RT PCR vs qpcr
5. Résumé
Qu'est-ce que RT PCR?
La réaction en chaîne en chaîne de la transcription inverse (RT PCR) est une variante de PCR qui est utilisée pour détecter l'expression de l'ARN. C'est une méthode très importante pour détecter l'expression de l'ARNm dans les tissus. La PCR RT est utilisée lorsque le matériau de départ de l'échantillon est ARN. Dans RT PCR, l'ARNm de matrice est d'abord converti en ADN complémentaire. Cette étape est catalysée par la transcriptase inverse de l'enzyme et le processus est connu sous le nom de transcription inverse. Deuxièmement, la PCR traditionnelle est utilisée pour l'ADNc nouvellement synthétisé pour l'amplification.
RT PCR est une technique très sensible qui nécessite une quantité relativement petite d'échantillon d'ARN. La PCR RT est couramment utilisée dans le diagnostic et la quantification des espèces d'ARN, en particulier les virus de l'ARN tels que le virus de l'immunodéficience humaine et le virus de l'hépatite C.
Figure 01: technique RT PCR
Qu'est-ce que QPCR?
La PCR quantitative (qPCR) est une variante de PCR qui est utilisée pour mesurer quantitativement les produits de PCR. Il est également appelé réaction en chaîne en polymérase en temps réel car il mesure l'amplification du temps réel à l'aide de la machine de PCR en temps réel. Il s'agit d'une méthode appropriée pour déterminer la quantité d'une séquence ou d'un gène cible présent dans un échantillon. La caractéristique intéressante de QPCR est qu'elle combine à la fois l'amplification et la véritable quantification en une seule étape. Par conséquent, le besoin d'électrophorèse sur gel dans la détection peut être éliminé par la technique QPCR. QPCR utilise des colorants fluorescents pour étiqueter les produits de PCR pendant les réactions de PCR qui conduisent finalement à une quantification directe. Lorsque les produits PCR s'accumulent, les signaux fluorescents sont également accumulés et il sera mesuré par la machine en temps réel. QPCR peut être combiné avec RT PCR. Il est connu sous le nom de RT - qPCR ou QRT - PCR et est considéré comme une méthode la plus puissante, sensible et quantitative pour la détection des niveaux d'ARN dans les cellules ou les tissus.
Sybr Green et Taqman sont deux méthodes utilisées pour détecter ou regarder le processus d'amplification de la PCR en temps réel. La méthode SYBR Green est réalisée à l'aide d'un colorant fluorescent appelé SYBR Green et détecte l'amplification en liant le colorant pour produire de l'ADN double brin. Taqman est réalisé à l'aide de sondes à double marquage et détecte l'amplification par dégradation de la sonde par Taq polymérase et relâche du fluorophore comme le montre la figure 02. Les deux méthodes surveillent les progrès du processus d'amplification et signalent la quantité du produit en temps réel.
La PCR en temps réel a une grande variété d'applications telles que la quantification de l'expression des gènes, l'analyse du microARN et non codante de l'ARN, le génotypage du SNP, la détection de variantes du nombre de copies, la détection de mutations rares, la détection d'organismes génétiquement modifiés, la détection d'agents infectieux, etc.
Figure 02: technique de PCR quantitative
Quelle est la différence entre RT PCR et qPCR?
RT PCR vs qpcr | |
| RT PCR est une technique utilisée pour détecter l'expression des gènes par amplification. | QPCR est une technique qui amplifie l'ADN et quantifie les produits PCR en temps réel. |
| Implication de l'enzyme de transcriptase inverse | |
| La transcriptase inversée enzyme est utilisée pour RT PCR. | La transcriptase inverse enzymatique n'est pas utilisée pour qPCR. |
| Utilisation de molécules marquées par fluorescence | |
| Les colorants ou sondes marqués par fluorescence ne sont pas utilisés pour RT PCR. | Des colorants ou des sondes marqués par fluorescence sont utilisés pour qPCR. |
| Quantification du produit PCR | |
| Sauf couplé avec QPCR, RT PCR ne quantifient pas le produit PCR. | QPCR mesure quantitativement le produit PCR. |
| Materiel de départ | |
| Le matériel de départ est l'ARNm. | Le matériau de départ est l'ADN. |
| Synthèse de l'ADNc | |
| L'ADN complémentaire est produit pendant la PCR RT. | L'ADN complémentaire n'est pas produit pendant QPCR. |
Résumé - RT PCR vs qpcr
RT PCR et QPCR sont deux versions de PCR traditionnelle. La technique RT PCR est effectuée pour les échantillons d'ARNm et il est entraîné par la transcription inverse et la production d'ADNc. QPCR est utilisé pour quantifier les produits de PCR pendant les cycles thermiques de PCR en temps réel à l'aide de colorants fluorescents ou de sondes marquées. Dans qPCR, la quantité de produit PCR est représentée par les signaux fluorescents émis par l'échantillon. RT PCR est populairement utilisé comme processus d'amplification tandis que le qPCR est couramment utilisé comme processus de quantification. C'est la différence entre RT PCR et qPCR.
Les références:
1. Deepak, SA, Kr Kottapalli, R. Rakwal, G. Oros, KS Rangappa, H. Iwahashi, y. Masuo et GK Agrawal. «PCR en temps réel: révolutionner la détection et l'analyse d'expression des gènes.”Génomique actuelle. Bentham Science Publishers Ltd., Juin 2007. la toile. 03 avril. 2017
2. Zeka, Fjoralba, Katrien Vanderheyden, Els de Smet, Claude A. Cuvelier, Pieter Mestdagh et Jo Vandesompele. «Analyse d'expression génique basée sur les gènes basée sur RT-QPCR simple et sensible des échantillons FFPE."Nature News. Nature Publishing Group, 22 février. 2016. la toile. 03 avril. 2017
3. Overbergh, L., UN. Giulietti, D. Valckx, b. Decallonne, R. Bouillon et c. Mathieu. «L'utilisation de la PCR de transcriptase inverse en temps réel pour la quantification de l'expression du gène des cytokines.»Journal of Biomolécular Techniques: JBT. Association des installations de ressources biomoléculaires, MAR. 2003. la toile. 03 avril. 2017
Image gracieuseté:
1. «Taqman» par l'utilisateur: BrainDamaged - Propre travaux par le Uploader d'origine (domaine public) via Commons Wikimedia
2. «Réaction en chaîne par polymérase à transcription inverse» par JPark623 - propre travail (CC By-SA 3.0) via Commons Wikimedia
