Différence entre les amorces aléatoires et Oligo DT

Le différence clé entre les amorces aléatoires et l'oligo dt est que L'amorce aléatoire est un mélange de toutes les séquences d'oligonucléotides hexamères possibles, tandis que l'amorce Oligo DT se compose d'une étirement simple brin de 12-18 désoxythymidines.

La transcription inverse est un mécanisme dans lequel l'ADNc peut être synthétisé en utilisant l'ARNm ou toute espèce d'ARN. Afin de produire de l'ADNc, l'enzyme de transcriptase inverse et d'autres composants nécessaires doivent être fournis, en particulier le modèle et les amorces. Les amorces sont les séquences d'ADN courtes spécialement conçues pour l'amplification des séquences cibles. Les amorces aléatoires et les amorces Oligo DT sont deux types courants d'amorces utilisées en transcription inverse. Par conséquent, l'amorce aléatoire ou l'amorce Oligo DT sont des séquences d'oligonucléotides à ADN courtes requises pour la transcriptase inverse pour initier la transcription inverse. Selon le modèle d'ARN, l'amorce appropriée peut être sélectionnée à partir de ces deux types d'amorces.

CONTENU

1. Aperçu et différence clé
2. Que sont les amorces aléatoires 
3. Qu'est-ce que Oligo DT
4. Similitudes entre les amorces aléatoires et l'oligo dt
5. Comparaison côte à côte - amorces aléatoires vs oligo dt sous forme tabulaire
6. Résumé

Que sont les amorces aléatoires?

L'amorce aléatoire est un mélange d'oligonucléotides représentant toutes les séquences d'hexamère possibles. La séquence d'amorce de l'amorce aléatoire est de 5 '- d (nnnnnn) -3' n = g, a, t ou c. Par conséquent, des amorces aléatoires peuvent être utilisées pour l'amplification de l'ADN ou de l'ARN simple brin par l'ADN polymérase ou la transcriptase inverse, respectivement. De plus, le mélange d'amorces aléatoire est capable d'amplifier toutes les régions de l'ARN pour générer de l'ADNc. Ainsi, il produit différentes longueurs d'ADNc.

Figure 01: amorces aléatoires

Plus important encore, le mélange d'amorces aléatoire ne montre pas de spécificité de modèle. Il est incapable de distinguer l'ARNm et d'autres espèces d'ARN. Et, il recuit avec toutes les espèces d'ARN dans l'échantillon. Cependant, le mélange d'amorces aléatoire convient à la transcription inverse des ARN sans les queues poly (A), telles que l'ARNr, l'ARNt, les ARN non codants, les petits ARN, l'ARNm procaryote, etc., ARN dégradé et ARN avec des structures secondaires connues.

Qu'est-ce que Oligo DT?

L'amorce Oligo DT est un tronçon de 12 à 18 désoxythme (DT). La séquence d'amorce peut être représentée comme 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3. Il est utilisé pour la production d'ADNc à partir de l'ARNm contenant de la queue en poly (A). Fondamentalement, il agit comme un apprêt pour la réaction catalysée par la transcriptase inverse. Pendant la transcription inverse, l'amorce Oligo DT recuit avec la queue poly-adénylée trouvée à l'extrémité 3 'de la plupart des ARNm eucaryotes et commence le processus.

Figure 02: Transcription inversée à l'aide d'amorce Oligo DT

Contrairement à l'amorce aléatoire, l'amorce Oligo DT ne convient pas à l'ARN ou à l'ARN dégradé qui manquent de queues poly (A), y compris l'ARN procaryote et le microARN.

Quelles sont les similitudes entre les amorces aléatoires et l'oligo dt?

• L'amorce aléatoire et l'amorce Oligo DT sont deux types d'amorces qui sont utilisées dans la transcription inverse et la fabrication d'ADNc.
• L'utilisation de l'amorce aléatoire et de l'amorce Oligo DT augmente ensemble la sensibilité de la synthèse d'ADNc.
• Ce sont des séquences nucléotidiques courtes simples.

Quelle est la différence entre les amorces aléatoires et l'oligo dt?

L'amorce aléatoire est une courte séquence d'oligonucléotide composée d'une séquence aléatoire. Pendant ce temps, l'amorce Oligo DT est un court brin composé de 12 à 18 désoxythymidines. Donc, c'est la principale différence entre les amorces aléatoires et l'oligo DT. La séquence de l'amorce aléatoire est de 5 '- d (nnnnnn) -3' n = g, a, t ou c. Alors que la séquence de l'amorce Oligo DT est 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3 '. Par conséquent, nous pouvons considérer cela comme une autre différence entre les amorces aléatoires et l'oligo DT.

De plus, les amorces aléatoires ne montrent pas de spécificité de modèle, et ils recommencent avec toute espèce d'ARN, tandis que les amorces Oligo DT montrent une spécificité pour les queues poly (A) de l'ARNm eucaryote.

L'infographie ci-dessous résume la différence entre les amorces aléatoires et l'oligo dt.

Résumé - amorces aléatoires vs oligo dt

L'amorce aléatoire et l'amorce Oligo DT sont deux types d'amorces utilisées dans la synthèse d'ADNc. L'amorce aléatoire se compose d'un mélange d'oligonucléotides, représentant toutes les séquences d'hexamère possibles, tandis que l'amorce oligo dt est une séquence simple brin de 12 à 18 désoxythymidines. Donc, c'est la principale différence entre les amorces aléatoires et l'oligo DT. En outre, les amorces Oligo DT sont utiles pour la transcription inverse pleine longueur d'ARN avec la queue poly (A), tandis que les amorces aléatoires sont utiles pour la transcription inverse de la plupart structures secondaires. Par conséquent, l'amorce aléatoire ne montre pas de spécificité de modèle tandis que l'amorce Oligo DT montre une spécificité vers l'ARNm eucaryote contenant de la queue en poly (a).

Référence:

1. «Configuration de la transcription inversée: Thermo Fisher Scientific - États-Unis.«Configuration de la transcription inversée | Thermo Fisher Scientific - États-Unis, disponible ici.

Image gracieuseté:

1. «Primers Revcomp» par Zephyris - Propre travaux (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia
2. «RT PCR Model» par Lokeshthimmana - Propre travaux (CC BY-SA 4.0) via Commons Wikimedia