Différence entre la protéomique et la transcriptomique

Différence clé - Protéomique vs transcriptomics
 

La technologie omic est une tendance actuelle, où les différentes biomolécules d'un organisme sont considérées comme une collection entière en ce qui concerne ses propriétés et ses fonctions. La technologie omic a un large éventail d'applications. Les différentes omiques d'un échantillon biologique comprennent la génomique, la protéomique, les transcriptomiques et la métabolomique. La protéomique implique l'étude complète de toutes les protéines dans un organisme vivant. Il est défini comme l'ensemble de toutes les protéines exprimées dans un organisme, ses propriétés structurelles et fonctionnelles. L'ensemble complet de protéines forme donc le protéome. Transcriptomics est l'étude complète de toutes les molécules d'ARN messager (ARNm) présentes dans un organisme vivant. Ainsi, Transcriptomics traite des gènes activement exprimés dans un organisme vivant. L'ensemble total d'ARNm dans un organisme vivant est appelé le transcriptome. Le différence clé entre la protéomique et la transcriptomique est basée sur le type de biomolécule. En protéomique, l'ensemble total de protéines exprimées dans un organisme vivant est étudié alors que, dans les transcriptomiques, l'ARNm total d'un organisme vivant est étudié.

CONTENU

1. Aperçu et différence clé
2. Qu'est-ce que la protéomique
3. Qu'est-ce que Transcriptomics
4. Similitudes entre la protéomique et la transcriptomique
5. Comparaison côte à côte - Protéomics vs transcriptomiques sous forme tabulaire
6. Résumé

Qu'est-ce que la protéomique?

Le terme protéomique a été inventé en 1995 et a été initialement défini comme le complément total des protéines dans une cellule, un tissu ou un organisme. Avec l'avancement des études protéomiques, il a ensuite été modifié pour être considéré comme un terme parapluie dans lequel de nombreux champs d'étude ont été inclus. Actuellement, sous le sujet de la protéomique, de la structure, de l'orientation, des fonctions, de ses interactions, de ses modifications, de ses applications et de l'importance des protéines sont étudiées. Par conséquent, de nombreuses recherches sont menées dans le domaine de la protéomique à l'heure actuelle.

Les premières études protéomiques ont été effectuées pour identifier la teneur en protéines Escherichia coli. La cartographie de la teneur totale en protéines a été effectuée en utilisant des gels bidimensionnels (2D). Après le succès de cela, les scientifiques ont continué à caractériser le contenu total des protéines chez les animaux tels que les cochons d'Inde et les souris. À l'heure actuelle, la cartographie des protéines humaines se fait en utilisant une électrophorèse sur gel 2D.

Applications de la protéomique

Il existe de nombreux avantages à étudier la protéomique, car les protéines sont les molécules régissant la plupart de l'activité due à la propriété catalyseur des protéines. Ainsi, l'étude des protéines entières peut fournir des informations concernant l'état de santé d'un organisme. Certaines applications sont;

1. Annotation du génome: En étudiant la teneur en protéines d'un organisme, les génomes exacts responsables du composé protéique actif peuvent être déterminés. Dans ce scénario, les résultats de toutes les génomiques, la transcriptomique et la protéomique sont importantes.
2. Identification / diagnostic de la maladie: La protéomique est utilisée dans l'identification de la condition de la maladie, en comparant la saine et les malades
3. Réaliser Expression des protéines étudié pendant l'expérimentation.
4. Modifications des protéines et études d'interaction: Afin d'utiliser des protéines dans vitro conditions ou et in vivo conditions, pour décider des conditions de stockage de ces protéines extraites et étudier le comportement de la protéine en in vitro, in vivo et dans - Méthodes silico.

Figure 01: Protéomique

Il existe différentes techniques impliquées dans la protéomique

1. Extraction de la protéine totale et séparation des protéines en utilisant une électrophorèse sur gel 2D. Les protéines peuvent également être séparées en utilisant une chromatographie liquide à haute performance (HPLC).
2. Séquençage des protéines extraites à l'aide de méthodes telles que la méthode de séquençage d'Edmund ou la spectrométrie de masse.
3. Une fois les séquences identifiées, les propriétés structurelles et fonctionnelles du contenu des protéines sont analysées à l'aide de logiciels informatiques et d'outils de bioinformatique.

Qu'est-ce que Transcriptomics?

Le terme de transcriptome est inventé récemment. La transcriptomique est l'étude de la teneur totale d'ARNm d'un organisme. L'ARNm total est l'ADN exprimé dans un organisme vivant ou une cellule. La collection complète de l'ARNm est appelée transcriptome.

Les étapes vers l'analyse du transcriptome incluent,

1. Extraction de l'ARN, séparation de l'ARNm en utilisant la chromatographie sur gel de colonne avec des billes de poly dt.
2. Le séquençage de l'ARNm est effectué.

La technologie de puces à ADN est un moyen courant d'identifier le transcriptome d'un organisme. La technique de microréseau implique une plaque de sonde avec les volets complémentaires du transcriptome. Lors de l'hybridation, l'ARNm présent dans l'organisme ou les cellules peut être caractérisée.

Figure 02: Techniques transcriptomiques

Transcriptomics est désormais largement utilisé dans le domaine médical. Les diagnostics de la maladie et le profilage des maladies sont les principaux domaines dans lesquels la transcriptomique est utilisée. En analysant un transcriptome d'un organisme, l'ARNm étranger peut être identifié, et s'il y a des infections, il peut être identifié. L'ARN non codant peut être séparé à l'aide de technologies transcriptomiques. Et l'expression de gènes sous différents contraintes environnementales peut être surveillée.

 Quelles sont les similitudes entre la protéomique et la transcriptomique?

• Les deux font partie du concept de technologie omique.
• Les deux sont utilisés dans le diagnostic de la maladie et la caractérisation de la maladie d'un organisme.
• Les deux zones d'étude impliquaient l'extraction de la biomolécule, la séparation de la biomolécule et les étapes de séquençage.

Quelle est la différence entre la protéomique et la transcriptomique?

Résumé - Protéomique vs transcriptomics 

Les omiques jouent un rôle important dans le domaine des sciences de la vie. La protéomique fait référence à l'étude du protéome qui forme les collections complètes de protéines dans une cellule ou un organisme. Transcriptomics fait référence à l'étude du transcriptome qui est l'ensemble complet de l'ADN exprimé qui est sous la forme d'ARNm. Les deux domaines d'étude, protéomique et transcriptomique, ont été dérivés après l'introduction de la génomique et actuellement largement utilisés dans les diagnostics médicaux et dans la caractérisation et le dépistage des organismes. C'est la différence entre la protéomique et la transcriptomique.

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Référence:

1.Horgan, Richard P et Louise C Kenny. «Technologies« omiques »: génomique, transcriptomique, protéomique et métabolomique.»The Obstetricien & Gynecologist, Blackwell Publishing Inc, 18 juillet 2011. Disponible ici  
2.Graves, Paul R., et Timothy A. J. Foin. «Guide du biologiste moléculaire sur la protéomique.»Microbiology and Molecular Biology Reviews, American Society for Microbiology, MAR. 2002. Disponible ici
3.Lowe, Rohan, et al. «Transcriptomics Technologies.»PLOS Biology Computational, Public Library of Science, mai 2017. Disponible ici  

Image gracieuseté:

1.'Proteomics' par xxl7441 à l'anglais wikibooks - transféré à partir de.WikiBooks aux communes., (Domaine public) via Commons Wikimedia
2.'ADNICRAY et séquençage Flow Cell'By Thomas Shafee - Propre travaux, (CC par 4.0) via Commons Wikimedia