Différence entre la traduction de Nick et l'extension d'amorce

Différence clé - Traduction Nick vs Extension d'amorce
 

La traduction de Nick et l'extension des amorces sont deux techniques importantes effectuées en biologie moléculaire. La principale différence entre la traduction de Nick et l'extension d'amorce est que Le processus de traduction de Nick produit des sondes étiquetées pour d'autres techniques d'hybridation alors que La méthode d'extension d'amorce identifie une séquence d'ARN spécifique à partir d'un mélange et révèle des informations sur l'expression de l'ARNm. Les deux techniques ont une grande importance et sont régulièrement réalisées dans les laboratoires de recherche moléculaire.

CONTENU
1. Aperçu et différence clé
2. Qu'est-ce que la traduction de Nick
3. Qu'est-ce que l'extension d'amorce
4. Comparaison côte à côte - Traduction de nick vs extension d'amorce
5. Résumé

Qu'est-ce que la traduction de Nick?

La traduction de Nick est une technique importante utilisée pour préparer des sondes marquées pour diverses techniques biologiques moléculaires telles que Blotting, in situ hybridation, fluorescent in situ hybridation etc. C'est un in vitro Méthode de marquage ADN. Les sondes d'ADN sont utilisées pour identifier des séquences d'ADN ou d'ARN spécifiques. À l'aide d'une sonde marquée, des fragments spécifiques peuvent être marqués ou visualisés à partir d'un mélange complexe d'acide nucléique. Par conséquent, les sondes étiquetées sont préparées à l'aide de diverses techniques à utiliser pour différentes techniques. La traduction de Nick est une de ces méthodes qui produit des sondes marquées à l'aide des enzymes DNase 1 et ADN polymérase 1.

Le processus de traduction de Nick commence par l'activité enzymatique de la DNase 1. La DNase 1 introduit les entailles dans le squelette phosphate de l'ADN double brin en clivant des liaisons phosphodiester entre les nucléotides. Une fois le nick créé gratuit, le groupe 3 'OH du nucléotide sera cédé et que l'enzyme ADN polymérase 1 agira dessus. L'activité d'exonucléase de 5 'à 3' de l'ADN polymérase 1 élimine les nucléotides du nick vers la direction 3 'du brin d'ADN. Simultanément, l'activité polymérase de l'enzyme de l'ADN polymérase 1 fonctionne et ajoute des nucléotides pour remplacer les nucléotides retirés. Si les nucléotides étaient marqués, le remplacement se produira par les nucléotides marqués et il marquera l'ADN pour l'identification. Cet ADN marqué nouvellement synthétisé peut être utilisé comme sonde dans diverses réactions d'hybridation en biologie moléculaire.

Figure 01: Processus de traduction de Nick

Qu'est-ce que l'extension d'amorce?

L'extension d'amorce est une technique qui est utilisée pour trouver une séquence d'ARN spécifique à partir d'un mélange d'ARN et localiser l'extrémité 5 'de la transcription d'ARNm. Il est également utilisé pour étudier la structure de l'ARN et de l'expression. La méthode d'extension d'amorce est réalisée avec des amorces marquées ou avec des nucléotides marqués. Si des amorces marquées sont utilisées, elle exclut la nécessité de marquer les nucléotides qui sont utilisés pour la synthèse de l'ADNc. Il y a plusieurs étapes dans cette technique. Il commence par l'extraction d'ARN à partir de l'échantillon. Ensuite, une amorce oligonucléotide marquée est ajoutée au mélange avec les ingrédients nécessaires pour synthétiser l'ADNc d'une séquence d'ARN spécifique. Amorce recuit avec la séquence complémentaire du mélange. En utilisant la séquence recuite d'amorce comme matrice, la transcriptase inverse enzyme synthétise l'ADN complémentaire (ADNc) de la séquence d'ARN. Le recuit des amorces et la transcription inverse se produisent uniquement lorsque la séquence d'ARN spécifique est présente dans l'échantillon. Enfin, lorsque l'électrophorèse de gel dénaturant est effectuée, la taille de la séquence d'ARN peut être déterminée. Il est également facile de trouver la base +1 de la séquence de l'ARNm (site d'initiation de transcription) par la méthode d'extension d'amorce. La quantité d'ARNm présente dans l'échantillon peut être quantifiée par cette méthode si l'excès d'amorce est utilisé.

Figure 02: Extension d'amorce

Quelle est la différence entre la traduction de nick et l'extension d'amorce?

Résumé - Traduction de nick vs extension d'amorce

La traduction de Nick est une méthode utilisée pour synthétiser E coli Enzymes ADN polymérase 1. C'est un in vitro Méthode employée dans les laboratoires avant différentes techniques d'hybridation. Pendant la traduction de Nick, l'activité d'exonucléase de 5'-3 'de l'ADN polymérase 1 élimine les nucléotides avant l'activité Nick et polymérase de l'ADN polymérase 1 remplace les nucléotides retirés par des nucléotides marqués derrière le Nick. L'extension d'amorce est une méthode qui est utilisée pour détecter une transcription d'ARN spécifique à partir d'un mélange et quantifier la taille et la quantité de l'intérêt ARN. C'est la différence entre la traduction de nick et l'extension d'amorce.

Les références
1. Reid, Alex. «Traduction de Nick.»Springer. N.p., n.d. la toile. 18 avril. 2017
2. «Extension d'amorce.»Diagnostics nationaux. N.p., n.d. la toile. 19 avril. 2017
3. Kuo, m. T., et W. Plunkett. «Nick-Translation des chromosomes de métaphase: marquage in vitro des régions nucléase-hypersensibles dans les chromosomes.«Actes de l'Académie nationale des sciences des États-Unis d'Amérique. U.S. Bibliothèque nationale de médecine, février. 1985. la toile. 19 avril. 2017
4. Raymond et al. «Test de PCR de l'amorce-extension simple et quantitative pour la surveillance directe des microARN et des ARN à interruption courte.»ARN. Copyright 2005 par RNA Society, nov. 2005. la toile. 19 avril. 2017

Image gracieuseté:
1. «Assayage d'extension d'amorce» par Jjnmmnjj - propre travail (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia