Différence entre le séquençage nanopore et illumina

Le différence clé Entre Nanopore et le séquençage Illumina est que le séquençage des nanopores est une technique de séquençage de troisième génération qui utilise un nanopore pour détecter la séquence d'une molécule d'ADN, tandis que le séquençage Illumina est une technique de séquençage de deuxième génération qui utilise la technologie des terminateurs de colorant réversible pour détecter la séquence d'une molécule d'ADN.

Le séquençage de l'ADN est la détermination d'un nucléotide précis ou d'une séquence de base d'une molécule d'ADN. Il existe de nombreuses méthodes rapides pour déterminer les séquences d'acide nucléique qui accélèrent les découvertes de recherche biologique et médicale. L'une des premières techniques de séquençage d'ADN (Sanger Sequencing) a été développée par Frederick Sanger en 1975 en adoptant une stratégie d'extension d'amorce au MRC Center, Cambridge, Royaume-Uni. Aujourd'hui, la majorité des techniques rapides de séquençage de l'ADN appartiennent à des catégories de séquençage d'ADN de deuxième génération (nouvelle génération) et de troisième génération. Le séquençage Nanopore et Illumina est deux de ces nouvelles technologies d'ADN.

CONTENU

1. Aperçu et différence clé
2. Qu'est-ce que le séquençage Nanopore
3. Qu'est-ce que le séquençage Illumina
4. Similitudes - Séquençage nanopore et illumina
5. Nanopore vs séquençage illumina sous forme tabulaire
6. Résumé - Nanopore vs Illumina Sequencing

Qu'est-ce que le séquençage Nanopore?

Le séquençage du nanopore est une technique de séquençage de troisième génération qui utilise un nanopore protéique pour détecter la séquence d'acide nucléique d'une molécule d'ADN. Dans le séquençage de Nanopore, l'ADN passant par le nanopore change son courant. Ce changement dépend de la forme, de la taille et de la longueur de la séquence d'ADN. Le signal résultant est décodé pour obtenir la séquence d'ADN ou d'ARN spécifique. Cette méthode ne nécessite pas de nucléotides modifiés, et il fonctionne en temps réel.

Figure 01: séquençage des nanopore

Oxford Nanopore Technologies est une entreprise populaire qui fabrique de nombreux appareils de séquençage Nanopore. La plupart des dispositifs de séquençage d'Oxford Nanopore ont des cellules de flux. Cette cellule de flux a un certain nombre de minuscules nanopores qui sont intégrées dans une membrane d'électro. Chaque nanopore correspond à sa propre électrode. Cette électrode se connecte à un canal et à une puce de capteur. Cette électrode mesure le courant électrique traversant le nanopore. Lorsqu'une molécule passe par un nanopore, son courant change ou est perturbé. De plus, cette perturbation produit un gribouillage caractéristique. Ce swiggle est ensuite décodé pour déterminer la séquence d'ADN ou d'ARN en temps réel.

Qu'est-ce que le séquençage Illumina?

Le séquençage Illumina est une technique de séquençage de deuxième génération qui utilise la technologie des terminateurs de colorant réversible pour détecter la séquence des molécules d'ADN. Solexa Company, qui fait maintenant partie de la société Illumina, a été fondée en 1998.  Cette entreprise a inventé cette méthode de séquençage basée sur la technologie des terminateurs de colorant réversibles et les polymérases modifiées.

Figure 02: séquençage Illumina

Dans la méthode de séquençage Illumina, l'échantillon est d'abord clivé en sections courtes.  Par conséquent, dans le séquençage Illumina, des lectures ou des fragments courtes de 100-150bp sont créés au début. Ces fragments sont ensuite ligaturés vers des adaptateurs génériques et recuits à une diapositive. La PCR est faite pour amplifier chaque fragment. Cela crée une place avec de nombreuses copies du même fragment. Plus tard, ils sont séparés en simple brin et soumis à un séquençage.  La diapositive de séquençage contient des nucléotides marqués par fluorescence, de l'ADN polymérase et un terminateur. En raison du terminateur, une seule base est ajoutée à la fois. Chaque terminateur de cycle est supprimé et permet l'ajout de la base suivante au site. De plus, sur la base des signaux fluorescents, l'ordinateur détecte la base ajoutée dans chaque cycle. La technologie de séquençage illumina construit la séquence en 4 à 56 heures.

Quelles sont les similitudes entre le séquençage Nanopore et Illumina?

• Le séquençage nanopore et illumina sont deux techniques de séquençage.
• Les deux sont des méthodes rapides et nouvelles de séquençage.
• Ils sont utilisés pour détecter les séquences d'ADN et d'ARN.
• Les deux ont une grande précision.

Quelle est la différence entre le séquençage Nanopore et Illumina?

Le séquençage des nanopore est une technique de séquençage de troisième génération qui utilise un nanopore pour détecter la séquence des molécules d'ADN. En revanche, le séquençage Illumina est une technique de séquençage de deuxième génération qui utilise la technologie des terminateurs de colorants réversibles pour détecter la séquence des molécules d'ADN. o, c'est la principale différence entre le séquençage nanopore et illumina. De plus, le séquençage de Nanopore a une précision de 92 à 97%, tandis que le séquençage Illumina a une précision de 99%.

L'infographie suivante répertorie les différences entre le séquençage nanopore et illumina sous forme tabulaire.

Résumé - Nanopore vs Illumina Sequencing

Les techniques de séquençage à haut débit incluent les méthodes de séquençage de deuxième génération (à lecture courte) et de troisième génération (à lire). Le séquençage Nanopore et Illumina est deux nouvelles technologies d'ADN qui appartiennent à des catégories de séquençage d'ADN de troisième génération et de deuxième génération (nouvelle génération). Le séquençage de nanopore utilise un nanopore pour détecter la séquence des molécules d'ADN. D'un autre côté, le séquençage Illumina utilise la technologie des terminateurs de colorant réversibles pour détecter la séquence des molécules d'ADN. Ainsi, c'est le résumé de la différence entre le séquençage Nanopore et Illumina.

Référence:

1. "Séquençage ADN.”Oxford Nanopore Technologies.
2. «Séquençage de colorant Illumina.«Un aperçu | Sujets ScienceDirect.

Image gracieuseté:

1. «Oxford Nanopore Minion Flow Cell Back» par Cirosantilli2 - Propre travaux (CC BY-SA 4.0) via Commons Wikimedia
2. «Illumina Miseq Sequencer» de Konrad Förstner - Propre travaux (CC0) via Commons Wikimedia