Quelle est la différence entre Fasta et FastQ

Le différence clé Entre Fasta et Fastq est que FastA est un format de texte qui stocke uniquement les séquences nucléotidiques ou protéiques, tandis que FastQ est un format de texte qui stocke à la fois les valeurs de séquence et les valeurs de qualité de séquence associées.

La bioinformatique est un domaine qui utilise différents logiciels pour analyser et comprendre les données biologiques, en particulier lorsque l'ensemble des données est complexe et important. Ce domaine combine la biologie, la chimie, la physique, l'informatique, l'ingénierie de l'information, les mathématiques et les statistiques pour analyser et interpréter les données biologiques. Fasta et FastQ sont deux formats de représentation de séquence dans le domaine de la bioinformatique pour aligner et analyser les séquences. En fait, FastQ est un format de fichier de séquence qui étend le format FASTA avec la possibilité de stocker la qualité de la séquence.

CONTENU

1. Aperçu et différence clé
2. Qu'est-ce que Fasta
3. Qu'est-ce que FastQ
4. Similitudes - Fasta et Fastq
5. Fasta vs Fastq sous forme tabulaire
6. Résumé - FASTA VS FASTQ

Qu'est-ce que Fasta?

Fasta est un logiciel d'alignement pour l'ADN et la séquence de protéines. Le logiciel FASTA utilise le format Fasta. Il s'agit d'un format de texte qui représente soit des séquences nucléotidiques ou des séquences d'acides aminés (protéine). Ici, les codes de lettres uniques représentent ces deux séquences. Fasta est un outil important dans les domaines de la bioinformatique et de la biochimie. Ce format permet aux noms et commentaires de séquences pour précéder les séquences.

Figure 01: Séquence Fasta

Ce format est originaire du logiciel Fasta et a été introduit par David J. Lipmann et William R. Pearson en 1985. L'outil FASTA a eu de nombreuses modifications au fil du temps, et la dernière version consiste en programmes de protéines: protéine, ADN: ADN, protéine: ADN traduit (avec cadraves) et recherches peptidiques ordonnées ou non ordonnées. Fasta lit une séquence de nucléotides ou d'acides aminés donnée et recherche la base de données de séquence correspondante en utilisant l'alignement de séquence locale pour trouver des correspondances de séquences de base de données similaires.

Qu'est-ce que FastQ?

FastQ est un logiciel d'alignement utilisé dans le domaine de la bioinformatique, qui stocke à la fois une séquence biologique (généralement une séquence nucléotidique) et ses scores de qualité correspondants. FastQ a été initialement développé pour regrouper une séquence formatée Fasta et les données de qualité connexes par Wellcome Trust Sanger Institute. Avec le développement dans le domaine de la bioinformatique, FastQ est devenu la norme de facto pour stocker la sortie de nombreux instruments de séquençage à haut débit.

Le format FastQ utilise quatre lignes différentes par séquence. La ligne 1 commence par le caractère @ et est suivie d'un identifiant de séquence (similaire à une ligne de titre Fasta). La ligne 2 se compose de lettres de séquence brute. Dans la ligne 3, la séquence commence par un caractère '+' et est éventuellement suivie du même identifiant de séquence. La ligne 4 code les valeurs de qualité pour la séquence de la ligne 2 et devrait consister en le même nombre de symboles que les lettres dans la séquence.

Quelles sont les similitudes entre Fasta et FastQ?

• Fasta et FastQ sont des outils d'alignement.
• Ce sont deux formats de représentation de séquence.
• Les deux sont liés au domaine de la bioinformatique.
• Fast et FastQ sont des outils importants à des fins de stockage et de séquençage.
• FastQ est une extension du format Fasta avec la possibilité de stocker la qualité de la séquence.

Quelle est la différence entre Fasta et FastQ?

FastA est un format de texte qui stocke uniquement les séquences nucléotidiques ou protéiques, tandis que FastQ est un format de texte qui stocke à la fois la séquence et les valeurs de qualité de séquence associées. Ainsi, c'est la principale différence entre Fasta et FastQ. De plus, Fasta stocke les fragments de séquence après avoir été cartographié, tandis que FastQ stocke des fragments de séquence avant la cartographie. En outre, une autre différence entre Fasta et FastQ est que Fasta se compose d'une ligne de description, et FastAq se compose de quatre lignes.

L'infographie ci-dessous présente les différences entre Fasta et FastQ sous forme tabulaire pour une comparaison côte à côte.

Résumé - FASTA VS FASTQ

La bioinformatique utilise différents formats de séquences tels que Fasta et FastQ, etc. Fasta stocke les fragments de séquence après avoir été cartographié tandis que FastQ stocke les fragments de séquence avant la cartographie. Fasta est un logiciel d'alignement pour l'ADN et la séquence de protéines. Il se compose de programmes de protéines: protéine, ADN: ADN, protéine: ADN traduit (avec cadré. FastQ est un logiciel d'alignement utilisé dans le domaine de la bioinformatique et stocke à la fois une séquence biologique (généralement une séquence nucléotidique) et ses scores de qualité correspondants. Fasta se compose d'une ligne de description, et FastQ se compose de quatre lignes. Donc, cela résume la différence entre Fasta et FastQ.

Référence:

1. Akalin, Altuna. «Génomique informatique avec r." 7.1 formats fasta et fastq.
2. «DESCRIPTION DE FORMAT FASTA.»Information du Centre national pour la biotechnologie, u.S. Bibliothèque nationale de médecine.

Image gracieuseté:

1. «Alignement des histones» par Thomas Shafee - Propre travaux (CC par 4.0) via Commons Wikimedia