Différence entre l'éditeur de liens et l'adaptateur

Le différence clé entre l'éditeur de liens et l'adaptateur est que Un linker n'a pas de fins cohésives tandis qu'un adaptateur a une fin cohésive.

La ligature de l'ADN est le processus de rejoindre deux molécules d'ADN ensemble, formant des liaisons phosphodiester. L'enzyme appelée ADN ligase catalyse cette réaction. C'est l'une des étapes critiques des champs biologiques moléculaires modernes tels que la technologie d'ADN recombinant et le clonage de l'ADN. L'efficacité de ligature dépend des extrémités des molécules d'ADN à ligature. Il existe deux types de extrémités d'ADN comme extrémités collantes et extrémités émoussées. L'efficacité de la ligature est élevée avec des extrémités collantes qu'avec les extrémités émoussées. Si les molécules d'ADN cibles ont des extrémités émoussées, les molécules appelées adaptateurs ou lieurs seront utiles. Les adaptateurs et les lieurs sont des molécules d'oligonucléotides synthétisées chimiquement qui aident à ligature de l'ADN. Ils ont également des sites de restriction internes. L'adaptateur a une extrémité collante et une extrémité émoussée, tandis que Linker a deux extrémités émoussées.

CONTENU

1. Aperçu et différence clé
2. Qu'est-ce qu'un linker 
3. Qu'est-ce qu'un adaptateur
4. Similitudes entre l'éditeur de liens et l'adaptateur
5. Comparaison côte à côte - Linker vs adaptateur sous forme tabulaire
6. Résumé

Qu'est-ce qu'un linker?

Linker est une séquence d'oligonucléotide synthétisé chimiquement qui est double brin. Linker a deux extrémités émoussées. Linker est utilisé pour ligature des molécules d'ADN qui ont des extrémités émoussées aux vecteurs. Il contient un ou plusieurs sites de restriction interne. Ces sites de restriction fonctionnent comme des sites de reconnaissance pour les enzymes de restriction.

Figure 01: liaison

Après ligature, l'ADN est à nouveau limité avec des enzymes de restriction pour produire des extrémités cohésives. Ecori-Linkers et Sal-I Linkers sont des lieurs couramment utilisés.

Qu'est-ce qu'un adaptateur?

Un adaptateur est une séquence d'oligonucléotide double brin utilisée pour relier deux molécules d'ADN ensemble. C'est une courte séquence avec une extrémité émoussée et une extrémité collante ou cohésive. Par conséquent, il se compose d'une queue simple brin à une extrémité, ce qui améliore l'efficacité de la ligature de l'ADN.

Figure 02: ligature de l'ADN par un adaptateur

De plus, l'adaptateur a des sites de restriction internes. Par conséquent, après la ligature, l'ADN peut être limité avec des enzymes de restriction appropriées afin de créer un nouvel terminus saillant. Un inconvénient des adaptateurs est que deux adaptateurs peuvent former des daimants par couple avec eux-mêmes. Cela peut être évité en les traitant avec l'enzyme appelée phosphatase alcaline.

Quelles sont les similitudes entre l'éditeur de liens et l'adaptateur?

• Les liens et l'adaptateur sont des séquences d'oligonucléotides courtes double brin.
• Ils portent des sites de restriction internes.
• De plus, ce sont des molécules d'ADN synthétisées chimiquement et sont des molécules synthétiques.
• Ils peuvent relier deux molécules d'ADN ensemble.
• Après ligature des lieurs et des adaptateurs, l'ADN est à nouveau limité avec des enzymes de restriction afin de produire des extrémités collantes.

Quelle est la différence entre l'éditeur de liens et l'adaptateur?

Un linker est un duplex d'oligonucléotide court chimiquement synthétisé avec deux extrémités émoussées. Un adaptateur est un duplex d'oligonucléotide court synthétisé chimiquement avec une extrémité collante et une extrémité émoussée. Ainsi, c'est la principale différence entre Linker et l'adaptateur. De plus, les adaptateurs peuvent former des dimères, tandis que les lieurs ne forment pas les dimères. Donc, c'est une autre différence significative entre l'éditeur de liens et l'adaptateur.

Vous trouverez ci-dessous un résumé des différences entre l'éditeur de liens et l'adaptateur sous forme tabulaire.

Résumé - Linker vs adaptateur

Linker et adaptateur sont deux types d'oligonucléotides synthétisés chimiquement qui sont utiles pour ligatiser l'ADN émoussé. Linker a deux extrémités émoussées, tandis que l'adaptateur a une extrémité émoussée et une fin cohésive. Donc, c'est la principale différence entre l'éditeur de liens et l'adaptateur. Ce sont des molécules double brin qui ont des sites de restriction internes.  Ils sont largement utilisés dans la technologie d'ADN recombinant et le clonage de l'ADN.

Référence:

1. «ADN de linker.»Wikipedia, Wikimedia Foundation, 31 août. 2020, disponible ici.
2. Rothstein, R.J., et al. «[7] Adaptateurs synthétiques pour le clonage de l'ADN.»Méthodes in Enzymology, Academic Press, 7 janvier. 2004, disponible ici.

Image gracieuseté:

1. «Bless Workflow (Update v2)» par Karahavet - Propre travaux (CC BY-SA 4.0) via Commons Wikimedia
2. «Préparation de la bibliothèque pour la plate-forme solide» de Philippe Hupé - Emmanuel Barillot, Laurence Calzone, Philippe Hupé, Jean-Philippe Vert, Andrei Zinovyev, Computational Systems Biology of Cancer Chapman & Hall / CRC Mathematical & Computational Biology, 2012 (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia