Différence entre le séquençage du clone par clone et le séquençage du fusil de chasse

Le différence clé entre le séquençage de clone par clone et le séquençage du fusil de chasse réside dans leur méthode de conduite. La méthode de séquençage du clone par clone implique la cartographie des chromosomes et le clonage avant le séquençage tandis que le clone par séquençage de fusil de chasse omet à la fois les étapes de cartographie et de clonage des chromosomes pendant le séquençage.

Clone by Clone Sequencing et Clone by Shotgun Séquençage sont deux méthodes de séquençage du génome moderne. Le séquençage du clone par clone est une méthode de séquençage plus fiable. Cependant, la méthode de clone par séquençage de fusil de chasse est plus rapide et moins chère. L'article se concentre sur la différence subtile entre le séquençage des clones et le séquençage des fusils de chasse.

CONTENU

1. Aperçu et différence clé
2. Qu'est-ce que le clone par séquençage de clone 
3. Qu'est-ce que le clone par séquençage de fusil de chasse
4. Similitudes entre le séquençage de clone par clone et le séquençage du fusil de chasse
5. Comparaison côte à côte - Clone par séquençage de clone vs séquençage de fusil de chasse sous forme tabulaire
6. Résumé

Qu'est-ce que le clone par séquençage de clone?

Clone par séquençage de clone est une méthode de séquençage du génome. Il nécessite la cartographie de chaque chromosome avant le fractionnement de l'ADN. Après cartographie, l'ADN doit être décomposé en fragments de 150 kilobases de long. Ces fragments sont alors prêts pour le séquençage. La prochaine étape est l'insertion des fragments d'ADN dans les chromosomes artificiels bactériens (BAC) puis dans les cellules bactériennes. Étant donné que les fragments sont maintenant à l'intérieur des cellules bactériennes, chaque fois que les bactéries se divisent, les fragments d'ADN insérés divisent et produisent également de nombreuses copies identiques. Ensuite, l'ADN de clone bactérien individuel est fragmenté en 500 paires de fragments longs. Ils sont plus petits et se chevauchent des fragments. Ensuite, le séquençage a lieu avec l'insertion de ces fragments dans un vecteur avec une séquence d'ADN connue. À partir de la séquence connue du vecteur, le séquençage se poursuit jusqu'à une séquence inconnue.

Après avoir terminé le séquençage, il est nécessaire d'identifier les zones des séquences qui se chevauchent. Par la suite, la jonction des fragments a lieu pour former les plus grands fragments initialement présentés dans BACS. Ensuite, l'assemblage de fragments plus grands dans le chromosome a lieu selon la carte du génome.

Figure 01: Clone par séquençage de clone

L'avantage significatif de Clone par séquençage de clone est que la carte du génome pré-préparée aide un assemblage fiable de fragments plus grands. Mais, l'inconvénient de cette méthode de séquençage est qu'il prend du temps à générer des cartes du génome et à faire des clones. Cependant, c'était la méthode préférée pendant le «projet du génome humain».

Qu'est-ce que le clone par séquençage de fusil de chasse?

Le séquençage de clone par fusil de chasse est une méthode de séquençage qui rompt au hasard les séquences d'ADN en de nombreux petits fragments et remonte la séquence en observant les régions qui se chevauchent. Les génomes de mammifères plus grands sont difficiles à cloner et à assembler. Cela est dû à leur complexité structurelle et à leur taille. Même si la méthode de séquençage du clone par clone est fiable, il faut beaucoup de temps pour séquencer les génomes d'organismes complexes. Par conséquent, le séquençage Clone by Shotgun est devenu une méthode de séquençage fiable moins chère qui peut être effectuée plus rapidement. Par conséquent, les scientifiques modernes comptent sur cette méthode de séquençage pour lutter contre les génomes complexes.

Figure 02: Clone par séquençage de fusil de chasse

Pendant la méthode de séquençage Clone by Shotgun, aucune étape de cartographie et de clonage du génome conventionnel n'a lieu. Initialement, l'ensemble du génome est fragmenté en tailles variables de 20 kilobases à 300 kilobases. Ensuite, le séquençage a lieu. Ensuite, en utilisant des logiciels informatiques sophistiqués, il est nécessaire d'assembler les fragments en regardant les régions qui se chevauchent.

Le séquençage Clone by Shotgun aide à améliorer la précision des séquences du génome existantes. Le principal avantage de cette méthode est qu'il est beaucoup plus rapide et moins cher que le clone par la méthode de séquençage des clones. Cependant, ce processus n'implique pas l'utilisation d'une carte génétique. Par conséquent, les erreurs pendant l'assemblage sont plus susceptibles de se produire. Ainsi, il s'agit d'un inconvénient majeur dans le clone par la méthode de séquençage du fusil de chasse.

Quelles sont les similitudes entre le séquençage de clone par clone et le séquençage de fusil de chasse?

• Les deux clones par séquençage de clone et séquençage de fusil de chasse sont deux méthodes de séquençage du génome.
• Pendant les deux techniques de séquençage, l'assemblage de fragments en panne a lieu en identifiant les régions superposées.
• De plus, la rupture de l'ADN en fragments plus petits est nécessaire pour le séquençage des clones et des fusils de chasse.

Quelle est la différence entre le séquençage de clone par clone et le séquençage de fusil de chasse?

La technique de séquençage clone par clone implique deux étapes principales: la cartographie des chromosomes et le clonage. En revanche, le séquençage Clone by Shotgun ne suit pas ces deux étapes; Il rompt au hasard les séquences d'ADN en de nombreux petits fragments et remonte la séquence en observant les régions qui se chevauchent. Par conséquent, c'est la principale différence entre le séquençage des clones et le séquençage des fusils de chasse. En raison de ce facteur, le séquençage clone par clone est un processus coûteux et long tandis que le séquençage du clone par fusil de chasse est plus rapide et moins cher.

Cependant, les erreurs pendant l'assemblage sont moins susceptibles de se produire pendant le clone par séquençage de clone. Par conséquent, il a une forte fiabilité. Cependant, le séquençage Clone by Shotgun est comparativement une technique moins fiable. Il s'agit donc également d'une différence significative entre le séquençage des clones et le séquençage des fusils de chasse.

L'info-graphique ci-dessous présente plus d'informations sur la différence entre le séquençage du clone par clone et le séquençage de fusil de chasse.

Résumé - Clone par séquençage de clone vs séquençage de fusil de chasse

En résumant la différence entre le séquençage du clone par clone et le séquençage du fusil de chasse, le clone par séquençage de clone et le séquençage de fusil de chasse sont deux méthodes de séquençage du génome. Cependant, la technique de séquençage clone par clone implique à la fois des processus de cartographie du génome et de clonage tandis que le séquençage du fusil de chasse ne fait pas. Il s'agit donc de la principale différence entre le séquençage de clone par clone et le séquençage de fusil de chasse. Étant donné que la cartographie du génome se déroule pendant le clone par séquençage de clone, les erreurs sont moins susceptibles de se produire pendant l'assemblage de séquences. Mais, le séquençage Clone by Shotgun est un processus beaucoup plus rapide et moins cher. Pourtant, c'est relativement moins fiable. Clone by Clone Séquençage était la méthode de séquençage préférée pendant le «projet du génome humain». Mais, le biologiste moléculaire moderne s'appuie davantage sur le clone par séquençage de fusil de chasse.

Référence:

1. «Qu'est-ce que le séquençage clone par clone?”Faits, l'équipe de fiançailles publique au Wellcome Genome Campus, 17 novembre. 2014, disponible ici.
2. «Qu'est-ce que le séquençage du fusil de chasse?”Faits, l'équipe de fiançailles publique au Wellcome Genome Campus, 17 novembre. 2014, disponible ici.

Image gracieuseté:

1. «Étapes du clonage moléculaire» par Alexpicardal97 - propre travail, cc by-sa 4.0) via Commons Wikimedia
2. «Shotgun Sequencing LG» par le National Human Genome Research Institute - National Institutes of Health. Institut national de recherche sur le génome humain. «Parler Glossaire des termes génétiques.»Récupéré le 17 novembre 2016 (domaine public) via Commons Wikimedia